Γεννήθηκε στο Κιλίς σε οικογένεια ΟρθοδόξωνΑράβων Χριστιανών που καταγόταν από το Χαλέπι της Συρίας. Μεγάλωσε σε αραβικό - τουρκικό περιβάλλον και ο πατέρας του λεγόταν Ίσα. Τα έτη 1733-1735 ασχολήθηκε με τη συλλογή χρημάτων για την Εκκλησία στα Άδανα και την Αντιόχεια, και ως το 1739 είχε μετακομίσει στη Δαμασκό.
Το 1740 χειροτονήθηκε ιερέας στα Ιεροσόλυμα. Το 1741 εξελέγη επίσκοπος Άκρας και το 1752 Χαλεπίου. Την ίδια χρονιά αποσύρθηκε και μετακόμισε στην Κωνσταντινούπολη. Διετέλεσε επίσης Μητροπολίτης Πτολεμαΐδος (Πατριαρχείου Ιεροσολύμων)[3]. Το 1766 του ζητήθηκε να αναλάβει τον θρόνο του Πατριάρχη Αντιοχείας, αλλά αρνήθηκε. Εκείνη την εποχή, οι Φραγκισκανοί προσπάθησαν και πάλι, με την υποστήριξη διπλωματών των καθολικών δυνάμεων, να ανακτήσουν τους ιερούς τόπους που είχαν προηγουμένως αποδοθεί στην Ορθόδοξη Εκκλησία των Ιεροσολύμων. Ο Σωφρόνιος, ως Μητροπολίτης Πτολεμαΐδας και έξαρχος του Πατριάρχη, κατάφερε να κερδίσει την εύνοια του Σεΐχουλ-Ισλάμ, επικεφαλής του οθωμανικού δικαστικού συστήματος, και να επιβεβαιωθούν τα προνόμια των Ορθοδόξων με φιρμάνι του Σουλτάνου Μουσταφά Γ΄.
Τον Απρίλιο του 1770[4] εξελέγη Πατριάρχης Ιεροσολύμων ως Σωφρόνιος Ε΄. Κατά την Πατριαρχία του στα Ιεροσόλυμα τερματίστηκε ο Ρωσοτουρκικός πόλεμος και υπογράφτηκε η Συνθήκη του Κιουτσούκ-Καϊναρτζή (1774), με την οποία η Ρωσία ανέλαβε ρόλο προστάτιδος των χριστιανών της Μέσης Ανατολής[3].
Το 1775 εξελέγη Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως ως Σωφρόνιος Β΄. Επί των ημερών του, Σύνοδος στην Κωνσταντινούπολη καταδίκασε τους Κολλυβάδες. Ήταν Πατριάρχης μορφωμένος και ασκητικός και ενδιαφέρθηκε ιδιαίτερα για την παιδεία και για τα οικονομικά των Πατριαρχείων που διακόνησε. Τον Μάιο του 1775 συνέστησε επιτροπή, αποτελούμενη από 4 αρχιερείς και 16 ή 18 λαϊκούς, με σκοπό την τακτοποίηση των θεμάτων του Πατριαρχείου, κυρίως των οικονομικών[5].
Πέθανε στις 8 Οκτωβρίου του 1780[6] και ετάφη στο προαύλιο του Ιερού Ναού των Ασωμάτων (Παμμεγίστων Ταξιαρχών) στο Μέγα Ρεύμα[7].