Το 2006 Κύπελλο Ιντερτότο ΟΥΕΦΑ 2006 ήταν το πρώτο τουρνουά της διοργάνωσης μετά από τις σημαντικές αλλαγές στη δομή της. Διεξήχθησαν μόνο 3 γύροι αντί 5 και 11 ομάδες προκρίθηκαν στο δεύτερο προκριματικό γύρο του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ 2006-07 (αντί για 3 ομάδες που προκρίνονταν στον πρώτο γύρο). Επίσης για πρώτη φορά στη σύγχρονη ιστορία της διοργάνωσης,[1] καθορίστηκε ένας μοναδικός νικητής, ο οποίος ήταν η ομάδα που κέρδιζε στην τελική φάση και έφτανε όσο πιο μακριά στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Το 2006 η ομάδα αυτή ήταν η Νιούκασλ Γιουνάιτεντ.
1Η ΦΚ Ζέτα προκρίθηκε σε αυτή τη σεζόν των διοργανώσεων της ΟΥΕΦΑ σαν μέλος της Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας Σερβίας και Μαυροβουνίου κατά τη διάρκεια της σεζόν 2005-06 αλλά κατά τη διεξαγωγή του αγώνα ήταν ήδη μέλος της Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας Μαυροβουνίου.[2] 2Ο αγώνας έγινε στο Partizan Stadium στο Βελιγράδι, Σερβία, γιατί το γήπεδο της ΦΚ Ζέτα, Trešnjica Stadium δεν πληρούσε τα κριτήρια της ΟΥΕΦΑ 3Ο αγώνας έγινε στην Herzliya γιατί το γήπεδο της Μακάμπι Πετάχ Τίκβα στην Πετάχ Τίκβα ήταν υπό ανακαίνιση.
Οι έντεκα νικήτριες ομάδες προκρίθηκαν στο δεύτερο προκριματικό γύρο του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ 2006-07.
1Μετά από διαβουλεύσεις με την ΟΥΕΦΑ, η ιταλική ΟΣΣ Παλέρμο αποσύρθηκε από την Ιταλική Ομοσπονδία Ποδοσφαίρου στις 6 Ιουνίου 2006. Λόγω της διερεύνησης για στημένους αγώνες στην Ιταλία το 2006, η ομοσπονδία της χώρας δεν μπορούσε επίσημα να επιβεβαιώσει την βαθμολογία της Σέριε Α για την περίοδο 2005-06, με την οποία η ΟΣΣ Παλέρμο ήταν η ομάδα που εξασφάλιζε συμμετοχή στο Κύπελλο Ιντερτότο και έτσι η ομάδα της Λιγκ 1, ΑΖ Οσέρ, την αντικατέστησε, σύμφωνα με τους κανονισμούς της ΟΥΕΦΑ για το Κύπελλο Ιντερότο.
Ο τελικός νικητής υιοθετήθηκε από το 2006. Καθοριζόταν από την πορεία των ομάδων στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Όποια έφτανε πιο μακριά, θεωρείτο νικήτρια του Ιντερτότο. Οι 8 από τις 11 ομάδες πέρασαν από τα προκριματικά στον πρώτο γύρο του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ. Τέσσερις από αυτές προκρίθηκαν στους ομίλους και μόνο η Νιούκασλ Γιουνάιτεντ εξασφάλισε θέση στους 32 της διοργάνωσης, όντας η μόνη εναπομένουσα ομάδα από το Κύπελλο Ιντερτότο. Έτσι, θεωρήθηκε η νικήτρια της διοργάνωσης και στο γύρο των 16 του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ, ο αρχηγός της, Scott Parker σήκωσε το τρόπαιο στο St James Park πριν τον αγώνα της με την ΑΖ '67 Άλκμααρ.