Το Κύπελλο Ιντερτότο ΟΥΕΦΑ 2008 ήταν το τελευταίο τουρνουά του Κυπέλλου Ιντερτότο ΟΥΕΦΑ, του 14ου υπό την αιγήδα της UEFA και του 3ου με την νέα μορφή της διοργάνωσης. Διεξήχθησαν τρεις γύροι και 11 ομάδες προκρίθηκαν στο δεύτερο προκριματικό γύρο του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ 2008-2009. Η κλήρωση έγινε στη Νιόν της Ελβετίας στις 21 Απριλίου 2008. Τελική νικήτρια της διοργάνωσης ήταν η Σπόρτινγκ Κλούμπε ντε Μπράγκα.
Κατανομή ομάδων
Συμμετείχαν 50 ομάδες από 50 ομοσπονδίες της UEFA. Πιο κάτω παρουσιάζεται η δομή της διοργάνωσης. Η θέση των ομοσπονδίων βασιζόταν στην Κατάταξη ΟΥΕΦΑ 2007.
Πρώτος γύρος: (28 ομάδες)
28 ομάδες από τις ομοσπονδίες 23-36, 38-50 and 53
Δεύτερος γύρος: (28 ομάδες)
14 νικήτριες από τον πρώτο γύρο
14 από τις ομοσπονδίες 9-22
Τρίτος γύρος: (22 ομάδες)
14 νικήτριες από το δεύτερο γύρο
8 από τις ομοσπονδίες 1-8
Πρώτος γύρος
Οι πρώτοι αγώνες έγιναν στις 21 και 22 Ιουνίου 2008 και οι επαναληπτικοί στις 28 και 29 Ιουνίου 2008.
Οι πρώτοι αγώνες έγιναν στις 19 και 20 Ιουλίου 2008 και οι επαναληπτικοί στις 26 και 27 Ιουλίου 2008. Οι 11 νικήτριες ομάδες προκρίθηκαν στο δεύτερο προκριματικό του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ.
Οκτώ από τις 11 ομάδες που προκρίθηκαν στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ μέσω του Ιντερτότο, πέρασαν από το δεύτερο προκριματικό στον πρώτο γύρο. Πέντε από τις 8 προκρίθηκαν στους ομίλους της διοργάνωσης. Τέσσερις από αυτές προκρίθηκαν στο γύρο των 32. Μόνο η Σπόρτινγκ Κλούμπε ντε Μπράγκα προκρίθηκα στο γύρο των 16 και έτσι έγινε η νικήτρια του Ιντερότο 2008.