Το πρωτάθλημα Β΄ Εθνικής 1968-69 διεξήχθη σε δύο ομίλους των 18 ομάδων, δηλαδή μετείχαν συνολικά 36 ομάδες. Οι νικητές των δύο ομίλων ανέβηκαν στην Α΄ εθνική κατηγορία, ενώ οι δύο δευτεραθλητές είχαν την ευκαιρία να διεκδικήσουν την άνοδό τους σε αγώνες διαβάθμισης.
Διοργάνωση
Μια από τα ίδια στο πρωτάθλημα Β΄ Εθνικής του 1968-69. Στην Α΄ Εθνική κατηγορία ανέβηκαν οι δύο πρωταθλητές των ομίλων, ενώ ανέβηκαν και οι δευτεραθλητές που επικράτησαν στους διπλούς αγώνες διαβάθμισης με την 14η και 15η ομάδα της Α΄ Εθνικής. Και πάλι δεν υποβιβάστηκε καμιά ομάδα, αφού την επόμενη σεζόν δημιουργήθηκε και τρίτος όμιλος στη Β΄ εθνική με την προσθήκη άλλων 18 ομάδων από τα τοπικά πρωταθλήματα (3Χ18=54).
Ορισμένες ομάδες εξαναγκάστηκαν σε συγχώνευση και εμφανίστηκαν με νέες ονομασίες, όπως η Α.Σ. Ρόδος αντί του Διαγόρα και η ΑΕ Φλώρινα αντί του Νικηφόρου Φλωρίνης.
* Από συγχώνευση του Νικηφόρου με άλλες ομάδες της Φλώρινας.
Αγώνες διαβάθμισης
Σύμφωνα με την προκήρυξη του πρωταθλήματος οι δευτεραθλήτριες των δύο ομίλων της Β΄ εθνικής έδωσαν αγώνες διαβάθμισης με την 14η και 15η ομάδα της Α΄ εθνικής για μια θέση στην ανώτερη κατηγορία. Στους αγώνες αυτούς δεν μετρούσε το σκορ αλλά μόνο το αποτέλεσμα: νίκη-ισοπαλία-ήττα. Δηλαδή, για να προκριθεί μια ομάδα έπρεπε να σημειώσει δυο νίκες ή νίκη-ισοπαλία. Σε κάθε άλλη περίπτωση (δυο ισοπαλίες ή μια νίκη για κάθε ομάδα) γινόταν τρίτος αγώνας σε ουδέτερο γήπεδο, με παράταση και κλήρωση.
Απόλλων Αθηνών - Προοδευτική: 1-0, 0-1, 1-1 (στο γήπ. Λεωφόρου) κλήρωση υπέρ Προοδευτικής. Ανέβηκε η Προοδευτική ενώ ο Απόλλων υποβιβάστηκε για πρώτη φορά στην ιστορία του.
