Στο Πρωτάθλημα Πρωταθλητριών Ε.Π.Σ. 1969 μετείχαν οι νικήτριες ομάδες των πρωταθλημάτων των τοπικών Ενώσεων με σκοπό την άνοδο στη Β΄ Εθνική. Διεξήχθη σε δύο φάσεις: προκριματική κατά περιφέρειες και τελική σε δύο ομίλους των 10 και 8 ομάδων. Πρωταθλητές στους δύο ομίλους αναδείχθηκαν η Αναγέννηση Άρτας και η Αναγέννηση Καρδίτσας. Σύμφωνα με την προκήρυξη την άνοδο κέρδισαν και οι δευτεραθλητές Γ.Σ. Καλλιθέα και Θερμαϊκός Θεσσαλονίκης. Όμως, λόγω της αναδιάρθρωσης που έγινε στη Β΄ Εθνική με τη δημιουργία και τρίτου ομίλου (18 ομάδων) ανέβηκαν άλλες 14 ομάδες, με κριτήρια εξωαγωνιστικά.
Διοργάνωση
Η προκριματική φάση της διοργάνωσης αναφέρεται επίσημα ως "Β΄ φάση του πρωταθλήματος ερασιτεχνών". Μετείχαν 24 ομάδες, πρωταθλήτριες τοπικών ενώσεων, χωρισμένες σε 7 ομίλους[1] με γεωγραφικά κριτήρια. Ξεκίνησε τον Ιανουάριο του 1969[1] και ολοκληρώθηκε το Μάρτιο. Στην τελική φάση προκρίθηκαν εννιά ομάδες, οι οποίες μαζί με άλλες εννιά που προέρχονταν από τις μεγαλύτερες ενώσεις συγκρότησαν δυο ομίλους: Νότιο (10 σύλλογοι) και Βόρειο όμιλο (8 σύλλογοι). Η τελική φάση ξεκίνησε στις 16 Μαρτίου και τέλειωσε τον Ιούνιο. Οι δύο πρώτοι σύλλογοι κάθε ομίλου ανέβηκαν στη Β΄ Εθνική.
Όμως, το καλοκαίρι του 1969 αποφασίστηκε η διεύρυνση της Β΄ Εθνικής με τη δημιουργία και τρίτου ομίλου. Έτσι για να συμπληρωθεί ο αριθμός των 18 ομάδων, στις 4 που ανέβηκαν μέσω του ειδικού ερασιτεχνικού πρωταθλήματος προστέθηκαν άλλες 14, χωρίς να τηρηθεί η σειρά τερματισμού, οπότε έπρεπε να ανεβούν όλες οι ομάδες της τελικής φάσης. Από αυτές μόνον τρεις προέρχονταν από τις επιλαχούσες του νοτίου ομίλου. Άλλες τρεις ομάδες προέρχονταν από αυτές που είχαν συμμετάσχει στην τελική φάση, ενώ οι υπόλοιπες οκτώ επιλέχτηκαν με γεωγραφικά ή άλλα εξωαγωνιστικά κριτήρια. Έτσι ευνοήθηκαν σύλλογοι που δεν είχαν προκριθεί στην τελική φάση. Κάποιοι δεν είχαν παίξει ούτε στην προκριματική φάση, αφού δεν είχαν κατακτήσει τον τοπικό τίτλο. Ενώ σε κάποιους συλλόγους δόθηκε προαγωγή ως επιβράβευση για την συγχώνευσή τους, έπειτα από τη σχετική προτροπή του χουντικού καθεστώτος.
Ομάδες που μετείχαν (33)
Προκριματική φάση (24 ομάδες-7 όμιλοι): προκρίθηκαν 9 ομάδες
1Αγώνας κατάταξης για τη 2η θέση: Χαλκίδα, 22/6/1969: Γ.Σ. Καλλιθέα - Α.Ο. Κορωπί: 1-0 (95΄ Μαξούρης, καν. αγ. 0-0). Τελικά, ανέβηκε και το Κορωπί λόγω της αύξησης του αριθμού των συλλόγων στη Β΄ Εθνική. 2 Ο Π.Γ.Σ. Μυτιλήνη συνενώθηκε με το Λεσβιακό και τη νέα σεζόν αγωνίστηκε στη Β΄ Εθνική ως Απόλλων Μυτιλήνης.