Η Α.Ε. Κηφισιάς δημιουργήθηκε το 2012, έπειτα από τη συγχώνευση του Α.Ο. Ελπιδοφόρου Κηφισιάς με τον Α.Π.Ο. Κηφισιάς ώστε η περιοχή να έχει έναν ανταγωνιστικό σύλλογο που να συμμετέχει ενεργά στις εθνικές κατηγορίες της χώρας.[4]
Την πρώτη της αγωνιστική περίοδο 2012–13 ως νεοσύστατος σύλλογος συμμετείχε στον 8ο Όμιλο της Δ΄ Εθνικής, παίρνοντας ουσιαστικά τη θέση του Ελπιδοφόρου, όπου τελικά τερμάτισε στη 2η θέση με 42 βαθμούς πίσω από το Α.Ο Αιγάλεω, και κέρδισε την άνοδο στην νεοσύστατη τότε «μετά την συγχώνευση της επαγγελματικής Γ' Εθνικής και της ερασιτεχνικής Δ' Εθνικής» Γ' Εθνική Ερασιτεχνική Κατηγορία. Επίσης κατέκτησε το Κύπελλο Ε.Π.Σ. Αθηνών 2012–13 νικώντας την ομάδα του Α.Ο. Αιγάλεω στο Γήπεδο της Νέας Σμύρνης, 1–1 κατά την κανονική διάρκεια του αγώνα και 4–3 στα πέναλτι. Σ' αυτό τον αγώνα, επικρατούσε ένα πρωτότυπο σκηνικό στις εξέδρες καθώς βρίσκονταν οπαδοί της Κηφισιάς, του Αιγάλεω και του Πανιωνίου, με τους τελευταίους να υποστηρίζουν την ομάδα των βορείων προαστίων.
Τις επόμενες δύο περιόδους η Κηφισιά, μετά και την άκρως επιτυχημένη πρώτη της χρονιά, προσπάθησε με αξιώσεις για εκ νέου άνοδο. Συγκεκριμένα την σεζόν 2013–14, η Κηφισιά αγωνίστηκε στη νεοσύστατη τότε Γ΄ Εθνική Ερασιτεχνική Κατηγορία, τοποθετημένη στον 6ο Όμιλο όπου κατέλαβε τη 2η θέση με 54 βαθμούς, χάνοντας με διαφορά 18 βαθμών την άνοδο από την ΑΕΚ. Ενώ την περίοδο 2014–15 επανέλαβε την κατάκτηση της 2η θέσης του 4ου Ομίλου, χάνοντας και πάλι την άνοδο, αυτή τη φορά με διαφορά 8 βαθμών από τον Κισσαμικό. Ενώ την ίδια περίοδο έφτασε μέχρι τα ημιτελικά του Κυπέλλου Γ' Εθνικής όπου ο Εθνικός Πειραιώς την έθεσε νοκ-άουτ στα πέναλτι με σκορ 5–3.
Η επόμενη τριετία ήταν η χειρότερη αγωνιστικά για την ομάδα της Κηφισιάς. Την περίοδο 2015–16 η συμμετοχή της ξανά στον 4ο Όμιλο ήταν ουσιαστικά η πρώτη της περίοδος που κινδύνεψε με υποβιβασμό αφού τερμάτισε μια θέση πάνω από την ζώνη υποβιβασμού, συγκεκριμένα στην 9η θέση και με 5 πόντους διαφορά από τον 10ο Αστέρα Βάρης. Την σεζόν 2016–17 κινδύνεψε ακόμη περισσότερο από την προηγούμενη χρονιά αφού τερμάτισε 3 βαθμούς πάνω από το όριο του υποβιβασμού, ωστόσο παράλληλα έφτασε ξανά μέχρι την ημιτελική φάση του Κυπέλλου Γ' Εθνικής από όπου αποκλείστηκε από την Αχαϊκή στην διαδικασία των πέναλτι με σκορ 5–4. Ο υποβιβασμός της Α.Ε Κηφισιάς ήρθε τελικά την περίοδο 2017–18 που τερμάτισε με 21 βαθμούς στην 9η θέση του 4ου Ομίλου της Γ' Εθνικής, 5 βαθμούς λιγότερους από την σωτηρία της 7ης θέσης. Η Κηφισιά υποβιβάστηκε και μαθηματικά την προτελευταία αγωνιστική μετά την εκτός έδρας ήττα 5–0 από τον Ο.Φ Ιεράπετρας. Παρά τον υποβιβασμό της, την ίδια περίοδο η Κηφισιά κατέκτησε για ακόμη μια φορά το κύπελλο Ε.Π.Σ.Α 2017–18 νικώντας αυτήν την φορά 2–0 την Αγία Παρασκευή στο Δημοτικό Στάδιο Περιστερίου.
Την περίοδο 2018–19 κατέκτησε με ευκολία το Πρωτάθλημα της Α' Κατηγορίας της Ε.Π.Σ.Α με μόνο μία ήττα σε 30 αγώνες και επέστρεψε στις εθνικές κατηγορίες.
Την επόμενη σεζόν στην Γ' Εθνική τελείωσε με 36 βαθμούς σε 26 αγώνες στην 4η θέση του 5ου Ομίλου.
Η άνοδος που η Κηφισιά έψαχνε την τελευταία δεκαετία επιτεύχθηκε τελικά την περίοδο 2020–21, όπου με 12 νίκες και μόλις μία ήττα κατέκτησε την πρώτη θέση του 7ου Ομίλου με διαφορά 8 βαθμών. Αξίζει να σημειωθεί ότι εκείνη την αγωνιστική περίοδο λόγω κορονοιού διεξήχθη μονάχα ο πρώτος γύρος του θεσμού. Έπειτα από την κατάκτηση της πρώτης θέσης προκρίθηκε στο Ειδικό Πρωτάθλημα Προβιβασμού για την νεοσύστατη τότε Super League 2, όπου έκανε το απόλυτο με 4 στις 4 νίκες εναντίον των Πανιωνίου, Ζακύνθου, Θύελλας Ραφήνας και Ηρόδοτου Νέας Αλικαρνασσού, με 0 παθητικά γκόλ και ανέβηκε για την πρώτη φορά στην ιστορία της στη δεύτερη εν τάξη εθνική κατηγορία ποδοσφαίρου της Ελλάδος.
Η Κηφισιά στις επαγγελματικές κατηγορίες
Η παρθενική συμμετοχή της Κηφισιάς στις επαγγελματικές κατηγορίες ήταν άκρως επιτυχημένη. Στον θεσμό του Κυπέλλου, αποκλείοντας τον Απόλλων Σμύρνης της Super League 1 με 1–0 προκρίθηκε στον γύρο των 16[5] όπου η κληρωτίδα την έφερε αντιμέτωπη με την ΑΕΚ. Στο πρώτο παιχνίδι στο ΟΑΚΑ μπορεί να ηττήθηκε με 4–0[6], αλλά στον επαναληπτικό απέσπασε την ισοπαλία με 1–1[7]. Στο πρωτάθλημα η Κηφισιά κατέκτησε την 6η θέση σε έναν όμιλο 17 ομάδων, παρά το γεγονός ότι αγωνίστηκε εξ' ολοκλήρου μακριά από την φυσική της έδρα λόγω εργασιών στο Ζηρίνειο[8]. Παράλληλα η νεοσύστατη ομάδα Κ20 της Π.Α.Ε Κηφισιάς προκρίθηκε μέχρι τον τελικό του πρωταθλήματος Super League 2 – K20, όπου ηττήθηκε από το Α.Ο Αιγάλεω, σε ένα αμφιλεγόμενο παιχνίδι, με 1–2[9].
Άνοδος στην πρώτη εθνική κατηγορία
Τη σεζόν 2022–23 η Κηφισιά τερμάτισε στην πρώτη θέση του Νότιου Ομίλου της Super League 2 και εξασφάλισε την άνοδο στην πρώτηεθνική κατηγορία (Super League 1) του ελληνικού ποδοσφαίρου για πρώτη φορά στην ιστορία της. Η ομάδα «σφράγισε» την πρώτη θέση στις 11 Ιουνίου του 2023 μετά το ισόπαλο αποτέλεσμα 1–1 με την Καλαμάτα στο «Ζηρίνειο».[10] Δυστυχώς η παρουσία της Κηφισιάς στην πρώτη κατηγορία του Ελληνικού ποδοσφαίρου αποδείχθηκε σύντομη καθώς τερμάτισε στην 13η θέση και έτσι επέστρεψε στην Super League 2.
Εγκαταστάσεις
Έδρα
Έδρα της ομάδας είναι το Δημοτικό Στάδιο Κηφισιάς «Ζηρίνειο», το οποίο βρίσκεται επί της Λεωφόρου Κηφισιάς 192.
Το Ζηρίνειο έχει δύο τσιμεντένιες κερκίδες κατά μήκος του γηπέδου. Η κύρια (Βόρεια) κερκίδα του Ζηρίνειου έχει χωρητικότητα 1050 ατόμων με 280 καθίσματα ενώ η κερκίδα φιλοξενούμενων (Νότια) 300. Με την άνοδο της Κηφισιάς στην Super League 2 έγιναν εντατικές εργασίες ώστε το Ζηρίνειο να μπορεί να φιλοξενήσει αγώνες επαγγελματικού επιπέδου. Την περίοδο 2021-2023 λόγω εργασιών η Π.Α.Ε. Κηφισιά χρησιμοποιούσε ως έδρα το Δημοτικό Στάδιο Καισαριανής ''Μιχάλης Κρητικόπουλος'' [11] και περιστασιακά το Γήπεδο Ριζούπολης «Γεώργιος Καμάρας»[12]. Οι εργασίες για την ανέγερσή του σταδίου άρχισαν το 1929 και περατώθηκαν τον Μάιο του 1932 με συνολικό κόστος 4.000.000 δραχμών. Στο διάστημα αυτό σταμάτησαν προσωρινά λόγω διαφωνιών στην ονομασία του, διότι εκείνη την εποχή δεν έδιναν στα γυμναστήρια ονομασία φυσικών προσώπων. Έτσι, το Ζηρίνειο έγινε το πρώτο στάδιο στην Ελλάδα με ονομασία φυσικού προσώπου. Κατά την αγωνιστική περίοδο 2020–21 η Α.Ε Κηφισιάς αγωνιζόταν στο δημοτικό γήπεδο της Νέας Ερυθραίας «Φώτης Βαρδαξής». Ενώ το ίδιο γήπεδο χρησιμοποιούν μέχρι σήμερα τα τμήματα υποδομής της ομάδας. Η Κηφισιά επέστρεψε μετά από 2 ολόκληρα χρόνια στο Ζηρίνειο, στις 19 Απριλίου 2023, με το ισόπαλο 1-1 κόντρα στην Προοδευτική. Δυστυχώς, το Ζηρίνειο δεν ήταν κατάλληλο για την πρώτη εθνική κατηγορία (Super League 1). Έτσι η Κηφισιά την σεζόν 2023–24, χρησιμοποιούσε το Ζηρίνειο ως προπονητικό κέντρο και για τους εντός έδρας αγώνες αγωνιζόταν στο «Μιχάλης Κρητικόπουλος» της Καισαριανής. Με τον υποβιβασμό της στην Super League 2, η Κηφισιά επέστρεψε στο Ζηρίνειο και έτσι το γήπεδο της Καισαριανής το έχει πλέον ως δεύτερη έδρα.
Προπονητικές εγκαταστάσεις
Η Α.Ε. Κηφισιάς ήταν από τις λίγες ερασιτεχνικές ομάδες με ιδιόκτητο προπονητικό κέντρο. Συγκεκριμένα το προπονητικό κέντρο Π.Α.Ε. Κηφισιάς είναι μια περιουσία του Α.Ο. Ελπιδοφόρου που πέρασε στην Α.Ε. Κηφισιάς με την συγχώνευση του με τον Α.Ο. Κηφισιάς, έτσι και οι εγκαταστάσεις είναι γνωστές ως «Γήπεδο Ελπιδοφόρου». Μετά την παραχώρηση του προπονητικού κέντρου στην Α.Ε. Κηφισιά εγκαταστάθηκε πλαστικός χλοοτάπητας και επισκευάστηκαν τα γύρω κιγκλιδώματα, γενικά το προπονητικό κέντρο αναβαθμίζεται συνεχώς. Στο προπονητικό κέντρο της Κηφισιάς στεγάζονται και οι ομώνυμες ακαδημίες οι οποίες θεωρούνται από τις πιο δυναμικές στο λεκανοπέδιο Αττικής, με επανειλημμένες παρουσίες στις τελικές φάσεις των κυπέλλων υποδομών της Ε.Π.Σ.Α. και συνεχείς προωθήσεις παικτών στα αντίστοιχα τμήματα των επαγγελματικών σωματείων Π.Α.Ε. της πρώτη εν τάξη κατηγορίας.
Υποστηρικτές και αντιπαλότητες
Υποστηρικτές
Η Κηφισιά έχει σχετικά μικρό αριθμό υποστηρικτών που είναι κυρίως από τα βόρεια προάστια της Αθήνας. Υπάρχουν διαφορετικές ομάδες οπαδών του συλλόγου που παρακολουθούν ενεργά τους αγώνες και δείχνουν την υποστήριξή τους στον σύλλογο.
Ο κύριος σύνδεσμος οπαδών της ομάδας είναι οι «KIFISSIA ULTRAS» ή «Σύνδεσμος Φιλάθλων Κηφισιάς». Η ομάδα αποτελείται από υποστηρικτές που προέρχονται από τη Κάτω Κηφισιά, την Νέα Κηφισιά, την Ερυθραία και την Εκάλη. Οι περισσότεροι οπαδοί προέρχονται από τον σύνδεσμο «Jokers», της Νέας Κηφισιάς, από φιλάθλους του παλαιότερου Α.Ο.Κ. και Ελπιδοφόρου, αλλά και από άλλους τοπικούς συνδέσμους. Οι οπαδοί της Κηφισιάς έχουν κοντινές επαφές και με άλλες ομάδες των βορείων προαστίων όπως την «Θήρα 3» της Δροσιάς και τους «Raptors» από την Νέα Ερυθραία. Πλέον, για διάφορους λόγους, οι οπαδοί δεν είναι ενεργοί και σπάνια ακολουθούν τους αγώνες.