Beide Entitäten sind ihrerseits in Gemeinden (bosn./kroat.općine, serb.opštine/општине, Sg općina/opština/општина) untergliedert. Die Gemeinden umfassen gewöhnlich neben einem namengebenden Ort auch dessen Umland. Im Kanton Sarajevo entspricht ein Teil der Gemeinden den Stadtbezirken von Sarajevo.
Die Einteilung in Gemeinden wurde in den Grundzügen aus der Zeit vor 1992 beibehalten. In einigen Fällen wurden jedoch Gemeinden neu gegliedert. Einige Gemeinden wurden durch die Entitätsgrenze zwischen der Föderation Bosnien und Herzegowina und der Republika Srpska geteilt. So wurden aus 109 Gemeinden vor dem Krieg 142 heutige. Die jüngste Gemeinde ist Stanari, die 2014 von der Stadt Doboj abgetrennt wurde.
