1993 holte ihn Intendant Thomas Langhoff an das Deutsche Theater Berlin, und er blieb hier fest engagiert bis 1999. Seitdem war er wieder als freier Regisseur tätig.
2005 sorgte seine Macbeth-Inszenierung am Düsseldorfer Schauspielhaus aufgrund ihrer blutigen und angeblich brutalen Bilder für einen Theaterskandal in Düsseldorf. Das Premierenpublikum verließ in großer Zahl das Theater, wobei in erster Linie Goschs Nonkonformismus mit auf Werktreue abzielenden Erwartungshaltungen ausschlaggebend gewesen sein dürfte, da sämtliche Rollen mit nackten Männern unterschiedlichen Alters besetzt worden waren. Die Inszenierung entfachte trotz ihrer betont artifiziellen Ausstattung und des Spielcharakters eine Diskussion über zumutbare Gewaltdarstellungen auf der Bühne, ähnlich wie es Botho Strauß und Luc Bondy mit ihrer Titus-Andronicus-Adaption in derselben Saison in Paris erlebten.
Am 24. November 2006 erhielt Gosch für seine Macbeth-Inszenierung den Faust-Theaterpreis in der Kategorie „Beste Regie im Schauspiel“. 2006 wurde er erneut (zuvor bereits 1984) mit dem Deutschen Kritikerpreis ausgezeichnet. 2008 wurde die Inszenierung von Onkel Wanja am Deutschen Theater Berlin von der Jury des Theatermagazins Theater heute zur Inszenierung des Jahres gewählt.
Einen großen Triumph feierte Jürgen Gosch Ende 2008 mit seiner Inszenierung von Anton Tschechows Die Möwe, die er am Deutschen Theater Berlin in einer Koproduktion mit der Volksbühne am Rosa-Luxemburg-Platz herausbrachte. Einige weitere geplante Inszenierungen, z. B. den Faust am Burgtheater Wien und die Carmen an der Deutschen Oper Berlin, musste Gosch wegen einer schweren Krebserkrankung absagen. Im April 2009 konnte er jedoch den Idomeneus von Roland Schimmelpfennig am Deutschen Theater in Berlin zeigen.
Jürgen Gosch starb am 11. Juni 2009 und wurde am 22. Juni auf dem Dorotheenstädtischen Friedhof in Berlin beigesetzt.[1]
In seinen letzten Jahren lebte er mit der Schauspielerin und Filmemacherin Angela Schanelec zusammen; sie ist die Mutter der beiden jüngsten seiner fünf Kinder.
Theaterpreis Berlin 2009: Jürgen Gosch erhielt den Preis gemeinsam mit dem Bühnenbildner Johannes Schütz. Gosch und Schütz arbeiteten seit 1991 zusammen. Zur Begründung heißt es: Gosch habe „durch (…) geistige Unabhängigkeit das Theater der Gegenwart in einzigartiger Weise geprägt und bereichert.“[3] Die Preisverleihung fand am 3. Mai 2009 im Deutschen Theater statt.
„Goschs Theater folgt keinen ästhetischen Konventionen, es lebt von der Schlichtheit und Intensität – auch von der Offenlegung – der Mittel. Es mutet den Zuschauern Pausen, Längen, Brüche, Momente der Verzweiflung, der Ratlosigkeit und der Unordnung zu. Das Saallicht bleibt in Goschs Inszenierungen fast immer an. Alle Schauspieler sind stets zugegen; oft setzten sie sich, wenn sie nichts zu spielen haben, in die erste Reihe. Die Bühnenbilder, die Johannes Schütz für Gosch entwirft, sind karge, geschlossene Kästen, aus denen es kein Entrinnen und in denen es keine Kuschelecken für alte Sehgewohnheiten gibt.“
„Mit Spielwitz und nie erlöschender Neugier wurde Gosch zu einem konservativen Erneuerer des Theaters, der für die Rückbesinnung auf die Kunst der psychologischen Menschenerkundung warb. Seinen Beruf, sagte der sich selbst und seine Umwelt stets skeptisch beobachtende Mann einmal, betreibe er ‚aus Vergnügungssucht‘.“