Zátoňská mokřina je přírodní rezervace jihovýchodně od obce Horní Vltavice v okrese Prachatice. Chráněné území se rozkládá v prostoru mezi silnicí Horní Vltavice – Zátoň a řekou Teplou Vltavou. Oblast spravuje Správa NP a CHKO Šumava.
Předmětem ochrany je mozaika iniciálních stádií acidofilních bučin, údolních jasanovo-olšových luhů, rašelinných a podmáčených smrčin se zbytky vlhkých pcháčových luk a vlhkých tužebníkových lad přecházející ve střídavě vlhké bezkolencové louky vltavské nivy jako samovolně se vyvíjející les na ladem ležícím bezlesí; populace kosatce sibiřského (Iris sibirica); kriticky ohrožené druhy plazů a jejich spontánně se vyvíjející biotopy: zmije obecná (Vipera berus); silně ohrožené druhy obojživelníků a jejich spontánně se vyvíjející biotopy: čolek horský (Ichthyosaura alpestris); silně ohrožené druhy plazů: slepýš křehký (Anguis fragilis); ohrožené druhy plazů, obojživelníků a jejich spontánně se vyvíjející biotopy: užovka obojková (Natrix natrix), ropucha obecná (Bufo bufo); ohrožené druhy rostlin ponechané bez hospodaření v jejich spontánně se vyvíjejících biotopech: dřípatka horská (Soldanella montana), vemeník zelenavý (Platanthera chlorantha), oměj horský (Aconitum napellus), lilie zlatohlavá (Lilium martagon), kosatec sibiřský (Iris sibirica); zajímavé a typické druhy jako součást dynamicky se vyvíjejícího ekosystému: zvonečník černý (Phyteuma nigrum), kopytník evropský (Asarum europaeum), lýkovec jedovatý (Daphne mezereum), kokořík přeslenitý (Polygonatum verticillatum), konvalinka vonná (Convallaria majalis); silně ohrožené druhy ptáků a jejich biotopy: jeřábek lesní (Tetrastes bonasia); ohrožené druhy ptáků a jejich biotopy: ořešník kropenatý (Nucifraga caryocatactes), sluka lesní (Scolopax rusticola).
Šumava
Blanský les • Šumava
Boubínský prales • Velká Niva
Blanice • Prameniště Blanice • U Hajnice
Amálino údolí • Čertova stráň • Hadce u Dobročkova • Hliniště • Hornovltavické pastviny • Kaňon Blanice • Kralovické louky • Libín • Lipka I. • Malý Polec • Milešický prales • Miletínky • Mokrý luh • Nad Zavírkou • Najmanka • Niva Kořenského potoka • Opolenec • Pod Farským lesem • Pod Popelní horou • Pravětínská Lada • Radost • Rašeliniště u Martinala • Saladínská olšina • Zátoňská hora • Zátoňská mokřina
Blanice • Buková slať • Čistá hora • Dobročkovské hadce • Háje • Hrádeček • Irů dvůr • Jaroškov • Jilmová skála • Koubovský rybník • Lipka • Mařský vrch • Mastnice • Onšovice – Mlýny • Pančice – V řekách • Pasecká slať • Pod Ostrohem • Pod Ostrou horou • Pod Sviňovicemi • Pod Vyhlídkou • Pod Vyhlídkou II • Podhájí • Polední • Polučí • Poušť • Skalka • Stádla • Štěrbů louka • Tejmlov • Tisy u Chrobol • U Narovců • U Piláta • U poustevníka • Úbislav • Upolíny • V polích • Vraniště • Vyšný – Křišťanov • Zábrdská skála • Zlatý potok v Pošumaví • Žižkova skalka