Hlavním předmětem ochrany je nejrozsáhlejší komplex mokřadních biotopů na území Českého ráje. Území do sebe zahrnuje rybníky a vodní toky v kaňonovitých údolích, které jsou lemované pískovcovými skálami. Mezi rybníky jsou tzv. květnaté louky, což jsou velmi bohaté biotopy, které potřebují pravidelné kosení, jinak ztrácí svou druhovou diverzitu. Na tento typ biotopu je vázáno několik druhů chráněných motýlů, např. modrásek bahenní (Phengaris nausithous).
V oblasti je několik menších puklinových pramenů (např. Prdlavka u Věžického rybníka), které umožnily vznik nivních rašelinných půd, na která jsou vázaná vzácná společenstva rostlin.[4] Území, zahrnující unikátní kaňonovitá údolí v kvádrových pískovcích, je cenné i z hlediska geologického a geomorfologického a je řazeno mezi geologické lokality národního významu.[5]
Vodstvo
Rybníky jsou napájeny Želejovickým potokem, Jordánkou a Žehrovkou. Soustava rybníků byla vybudována asi v 16. století, a umožnila tak hospodárné využití oblasti. V chráněném území se nachází rybníky Věžický rybník (9 ha), Vidlák, Rokytňák, Krčák, Hrudka, Nebákov (na ostrohu nad ním stával ve středověku stejnojmenný hrad) a Podsemínský rybník.
Naučná stezka Podtrosecká údolí od roku 1980 vede z Borku pod Troskami na zříceninu hradu Trosky. Měří asi osm kilometrů a nachází se na ní třináct informačních zastávek, které obsahují informace o historii oblasti, rostlinách, živočiších i geologii.
