Město Jastrzębie-Zdrój v současné podobě vzniklo až ve druhé polovině 20. století. Jeho základem je dávná vesnice Jastrzębie Dolne (Nieder Jastrzemb), poprvé zmiňovaná v roce 1376, která patřila zpočátku ratibořskému knížectví a pak mezi lety 1502 až 1809 vladislavskému stavovskému panství.
Roku 1859 zde byly při hledání uhlí objeveny prameny léčivé jodobromové solanky. O dva roky později koupil vesnici hrabě Felix von Königsdorff, který začal s výstavbou prvních lázeňských objektů. Jastrzębie, přejmenované na Bad Königsdorff-Jastrzemb, se stalo ve druhé polovině 19. století jedním z hlavních lázeňských míst ve Slezsku. Další rozvoj obce souvisel se jménem Mikołaje Witczaka, majitele lázní v letech 1896–1918, a později jeho synů, Mikołaje a Józefa. V roce 1922 se Jastrzębie spolu s celým východním Horním Slezskem stalo součástí polského státu.
Novou kapitolu v dějinách otevírají 50. léta 20. století a objevení rozsáhlých ložisek černého uhlí v okolí obce. Výstavba prvního dolu – Jastrzębie – začala v roce 1956 a trvala pět let. V roce 1963 získalo Jastrzębie-Zdrój (oficiální název zavedený po roce 1945) městská práva. Východně od lázeňské čtvrti vznikl komplex panelových sídlišť podle návrhu architekta Zygmunta Winnického z roku 1961. Šlo o nové modelové socialistické město prohlášené dobovou propagandou za město mládí, práce a míru. Původní projekt nebyl však nikdy plně realizován, nebyla kromě jiného postavena futuristická centrální čtvrť s mrakodrapy a talířovitou budovou kulturního centra.
V roce 1972 došlo k připojení obce Jastrzębie Górne a následně v roce 1975 obcí Bzie, Borynia, Szeroka, Moszczenica a Ruptawa, čímž město získalo dnešní rozlohu. Počet obyvatel dosáhl na konci 70. let sto tisíc (nejvíce v roce 1991 – 104 594).
Důl Zofiówka (tehdy Manifest Lipcowy) se zapsal do dějin jako jedno z dějišť dělnických protestů v letech 1980 a 1981. Dne 3. září 1980 byla podepsána dohoda mezi komunistickou vládou a místní Solidaritou známá pod názvem jastrzębská dohoda. Stávka o rok později, během výjimečného stavu, skončila násilnou pacifikací.
Rozvoj hornictví způsobil zánik solankových pramenů. Oficiální lázeňský status byl městu odebrán v říjnu 2007 a zašlou slávu Bad Königsdorffu připomínají už jen architektonické památky dávné lázeňské čtvrti a slovo Zdrój(Lázně) v názvu města.
