V této době zastával i vládní posty. V letech 1991–1992 byl ministrem kontroly české vlády Petra Pitharta.[5][6] V české vládě setrval i v následném období. V roce 1992 zasedl, opět jako ministr kontroly, za ODS do vlády Václava Klause. Na tomto postu setrval do června 1993, kdy bylo toto ministerstvo zrušeno (vznikl z něj Nejvyšší kontrolní úřad) a Němec přešel na post ministra bez portfeje. Zastával funkci ministra-vedoucíhoÚřadu vlády ČR. Zároveň byl jmenován předsedou Rady vlády pro vědu a výzkum. Ve vládě setrval do konce jejího funkčního období v roce 1996.[7]
Od roku 1998 byl členem Rady hlavního města Prahy zodpovědný za kulturu, tělovýchovu, církve a náboženské společnosti, pro veletrhy a výstavnictví a pro cestovní ruch. V červnu 2002 se stal primátorem hlavního města Prahy (poté, co funkci a ODS opustil dosavadní primátor Jan Kasl). Ve stejném roce zasáhla Prahu ničivá povodeň. Památným se stal jeho výrok z 13. srpna 2002 v 19 hodin (povodňová vlna se tehdy blížila ke svému maximu), kdy prohlásil: „Já bych řekl, že Praha není ohrožena. Situace je, bych řekl, nadmíru výtečná. Všechny orgány pracují, jak mají. … Tak přiteče víc kubíků… To, o kolik stoupne, asi není v tuto chvíli důležité, protože jestli to je o 20, 10 centimetrů… Důležité je, že se ta zatopená plocha rozšiřovat nebude.“[8] V následných podzimních komunálních volbách roku 2002 mandát primátora neobhajoval (kandidátem ODS byl Pavel Bém).[7]
Od srpna 2005 byl předsedou Úřadu na ochranu osobních údajů, navržen ke jmenování Senátem byl 4. srpna 2005;[9] od 1. září 2005, kdy se ujal funkce, vystoupil z ODS a není tak členem žádné politické strany. Po pěti letech byl ve funkci opětovně potvrzen hlasováním Senátu 23. června 2010[7][10] a následně jmenován prezidentem Klausem. Jeho nástupkyní byla v roce 2015 jmenována Ivana Janů, bývalá soudkyně Ústavního soudu.[2][11]
Od listopadu 2023 jej nový generální ředitel České televize (ČT) Jan Souček jmenoval vedoucím svého sekretariátu.[12] Výběr vyvolal pozornost, protože Němec má vazby na bývalého předsedu a stávajícího místopředsedu Rady ČTPavla Matochu.[13] Němec dále v minulosti vystoupil na akci protizápadních politiků a aktivistů a v roce 2020 ve slovenském dezinformačním internetovém rádiu Slobodný vysielač obvinil média včetně ČT, že zbytečně straší pandemií nemoci covid-19, a vymezil se mimo jiné proti EU a NATO. Souček se distancoval od „osobních názorů“ ředitele své kanceláře a prohlásil, že si s ním o jeho výrocích promluví.[14][15][16] V srpnu 2024 se Igor Němec zúčastnil pravidelného setkání v Příčovech[17], kterých se účastní protidemokratičtí aktivisté a známí dezinformátoři[18], označující se za tzv. „vlastence“.[19] Dne 27. srpna 2024 Souček oznámil, že Němce propouští z pozice vedoucího svého sekretariátu z důvodu názorového rozchodu.[20][21]
↑ČTK. Další rošáda ředitele ČT Součka. Končí vlivný šéf kanceláře Němec. Kvůli účasti na akci dezinformátorů?. Blesk [online]. 2024-08-27 [cit. 2024-08-27]. Dostupné online.
↑VACA, Jan. Exprimátor Němec: Záplavy v roce 2002 dopadly dobře, média to zkreslují. iDNES.cz [online]. 2013-06-06 [cit. 2015-07-23]. Dostupné online.
↑Volba předsedy Úřadu pro ochranu osobních údajů (4.8.2005) [online]. Miroslav Škaloud, 2005-08-04 [cit. 2015-07-23]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2015-07-23.
↑ Úřad na ochranu osobních údajů povede i nadále Igor Němec. TN.cz [online]. 2010-06-23 [cit. 2015-07-23]. Dostupné online.
↑VÍTŮ, Daniela; HOFSCHNAIDROVÁ, Matylda. Poprvé zasedne orgán pro dohled nad tajnými službami. ‚Uvidíme i do živých kauz,‘ říká jeho šéfka. iROZHLAS [online]. Český rozhlas, 2024-08-27 [cit. 2024-08-27]. Dostupné online.
↑ Pražský exprimátor povede kancelář nového šéfa České televize. Seznam Zprávy.cz [online]. [cit. 2023-11-01]. Dostupné online.
↑ „Doputoval ke mně životopis.“ Součkovu kancelář v ČT povede exprimátor Němec. Má blízko k radnímu Matochovi. Deník N [online]. [cit. 2023-11-03]. Dostupné online.
↑ „Jeho názory rozhodně nesdílím.“ Souček chce mluvit s šéfem své kanceláře o jeho výrocích o covidu, EU a „ekoterorismu“. Deník N [online]. [cit. 2023-11-08]. Dostupné online.
↑BERGER, Vojtěch. Kdo vrtí šéfem ČT. Igor Němec jako spojka ředitele s radou i muž přes stížnosti. HlídacíPes.org [online]. Ústav nezávislé žurnalistiky, 2024-01-09 [cit. 2024-08-27]. Dostupné online.
↑KADLEC, Miloš. Igor Němec, Stanislav Novotný a mlžení ředitele ČT Jana Součka - Manipulátoři.cz [online]. Faktické info z.s., 2023-11-22 [cit. 2024-08-27]. Dostupné online.
↑ Lidé. Kdo stojí za vlasteneckým setkáním? | Vlastenecké setkání Příčovy. www.vlasteneckesetkani.cz [online]. [cit. 2024-08-22]. Dostupné online.
↑ Přehled těch, kteří v Česku vydělávají na strachu lidí - Seznam Zprávy. www.seznamzpravy.cz [online]. 2023-06-15 [cit. 2024-08-22]. Dostupné online.
↑ Další problém ČT: Součkův kancléř na Vlasteneckém setkání –. neovlivni.cz [online]. [cit. 2024-08-22]. Dostupné online.
↑NOVÁK, Jan; ŠVIHEL, Petr. Igor Němec končí u ředitele ČT. Byl na srazu spojovaném s dezinformátory. www.seznamzpravy.cz [online]. Seznam Zprávy, 2024-08-27 [cit. 2024-08-27]. Dostupné online.
↑SOUKUP, Jaroslav. Němec v České televizi končí. Novinky.cz [online]. 2024-08-27 [cit. 2024-08-27]. Dostupné online.
Antonín Baudyš(obrana – demise 21. září 1994, KDU-ČSL) • Jan Stráský(doprava a spoje – odvolán 10. října 1995, zdravotnictví – pověřen 10. října 1995, ODS)