Střední tok je od Kyjeva do Záporoží dlouhý 555 km. Množství vody je zde menší než na horním toku a přísun srážek je nestálý, jelikož zde řeka protéká zónou lesostepí a stepí. Po celé délce tohoto úseku je údolí řeky široké 6 až 18 km. Zvláště na levé straně se vyskytují břehové terasy. Pravý břeh je vyvýšen a prudce spadá k řece. Střední tok představuje kaskádu přehrad (Kyjevská, Kaněvská, Kremenčucká, Kamjanská, Dněperská) a pouze pod Kamjanským se zachoval krátký úsek přirozeného koryta.
Dolní tok
Dolní tok je od Záporoží k ústí dlouhý 325 km. Množství vody na tomto úseku je již nedostatečné, jelikož zde řeka protéká zónou stepí v Přičernomořské nížině. Převážná část dolního toku byla pod vzdutímKachovské přehrady, kterou v červnu 2023 zničila ustupující ruská okupační armáda.[3]
Přítoky
Tabulka obsahuje přítoky postupně v pořadí od pramene k ústí rozdělené podle úseků toku. Písmena (P) a (L) označují pravý a levý přítok.
Zdroj vody je smíšený a formuje se převážně na horním toku nad Kyjevem. Největším zdrojem jsou sněhovésrážky (50 %), následuje podzemní voda (27 %) a dešťové srážky (23 %). Na dolním toku roste role srážek sněhových na úkor dešťových. Průměrný průtok u Kyjeva činí 1380 m³/s, maximální 25 000 m³/s, minimální 200 m³/s, běžné jarní maximum dosahuje 7000 m³/s . Průměrný celkový roční odtok v ústí představuje 53 km³, maximální 73 km³ a minimální 24 km³. Průměrný průtok v ústí činí pak 1670 m³/s. Během jarního období zvýšeného vodního stavu proteče řekou 60 až 70 % (v některých letech až 80 %) celkového ročního průtoku. V létě je vodní stav nízký. Na podzim dochází k povodním při deštích a v zimě při oteplení. Řeka zamrzá v prosinci a rozmrzá v průměru na horním toku na začátku dubna, na středním toku v polovině března a na dolním toku na začátku března.
Již ve starověku se Hérodotos o řece (Borysthenés (Βορυσθένης)) ve svých Dějinách zmiňuje při popisu říše a zvyků Skythů, jejichž říše se na dolním toku řeky rozkládala, jako o třetí největší známé řece po Nilu a Istru (Dunaji). Už od té doby byla řeka důležitou dopravní a tržní cestou mezi Baltským a Černým mořem, kterou využívaly i antické kolonie na černomořském pobřeží. V období stěhování národů tržní význam řeky v důsledku nájezdůHunů a Bulharů upadl. Od 7. století její význam opět rostl v souvislosti s formováním prvních slovanských státních útvarů.
V 9. století se ustálila obchodní cesta nazývaná v ruských letopisech „iz Varjag v Greki“, která spojovala Skandinávii s Černomořím, především s Byzancí. V té době vznikají na řece města Kyjev, Smolensk, Černigov, Perejaslav, Ljubeč, Vyšgorod. Obchodní cesta vedla přes Finský, resp. Rižský záliv do Smolenska odtud po Dněpru až k ústí. Obchod po ní provozovali švédští vikingové, varjagové, kteří vybírali od místního obyvatelstva tribut a dále s ním obchodovali stejně jako se zajatci, které prodávali do otroctví. Cenné zprávy o dějinách podněperských oblastí podává nejstarší známý ruský letopisec Nestor ve své Povesti vremennych let. V důsledku mongolsko-tatarských nájezdů nastal odliv obyvatelstva ze středního podněpří na sever a severovýchod. Ve 14. až 16. století si řeka udržuje svůj obchodní význam především na horním a částečně na středním toku.