Horní tok (délka 900 km) probíhá od soutoku zdrojnic do Blagověščensku, kde do Amuru ústí Zeja. Má převážně horský charakter. Nad přítokem Amu-er-che je údolí řeky zřetelná. Nevelké kotliny jsou spojené zúženými soutěskami mezi nimi. Svahy údolí jsou skalnaté, vysoké a rychlost toku řeky je velká. Zprava až k řece zasahují výběžky pohoří Velký Chingan. Níže řeka teče mezi Amursko-zejskou pahorkatinou a hřbetemIlchuri Alin. Údolí řeky se rozšiřuje a objevují se rozvinuté meandry (např. Korsakovské krivuny dlouhé 45 km a široké 0,6 km).
Střední tok (délka 1 000 km) probíhá od Blagověščensku (ústí Zeji) do Chabarovsku. Řeka nejprve teče podél sníženého okraje Zejsko-burejské nížiny a poté protíná hřbet Malý Chingan a vtéká do Středněamurské nížiny. Na tomto úseku Amur získává charakter rovinné řeky. Teče širokým údolím a koryto je lemováno nízkými bažinatými břehy. Na řece jsou mnohé mělčiny a ostrovy. Mezi nimi protékající ramena neboli průtoky, které se zde nazývají razboje. Rychlost proudu se snižuje. Výjimku tvoří 150 km dlouhý úsek, na kterém řeka protíná Malý Chingan, kde řeka protéká malebným kaňonem v jediném korytě a vytváří mohutný vodní tok. Na středním toku získává Amur hlavní vodní zdroje. Ústí zde do něj všechny hlavní přítoky zleva Zeja a Bureja a zprava Sungari a Ussuri.
Dolní tok začíná u Chabarovsku. Řeka protéká širokým údolím napříč Dolnoamurskou nížinou. Koryto řeky se rozvětvuje na ramena a široký úval se vyznačuje velkým množstvím jezer. Jezera jsou spojená s Amuremprůtoky. Největší jsou Boloň, Udyľ, Oreľ, Kizi. Na tomto úseku přijímá pouze jeden významný přítok, Amguň a to u samého ústí. Pod Nikolajevskem na Amuru začíná mělký Amurský liman dlouhý 48 km.
Hlavní část vody (přibližně ⅔) získává řeka díky letním a podzimním monzunovýmdešťům. V zimě zde není mnoho sněhu a tak jeho tání na jaře způsobuje pouze málo výrazné zvýšení hladiny. Bezprostředně poté začínají právě letní monzuny. V dubnu stoupá voda díky tání sněhu v rovinách a v květnu díky tání sněhu na horách. Nejnižší úrovně hladiny dosahuje na konci zimy. Rozdíl výšky hladiny činí na horním a středním toku 10 až 15 m a na dolním toku 6 až 7 m. Za léto dochází ke 4 až 6 povodním. V ústí můžeme sledovat přílivové a odlivové kolísání úrovně hladiny, které dosahuje 1,5 až 2,6 m. Zamrzá nejprve horní tok na začátku listopadu a poté do konce listopadu dolní tok. Rozmrzání začíná na dolním toku na konci dubna a pokračuje až do začátku května na horním toku. Na jaře při tání vznikají ledové zátarasy, které způsobují zvednutí vodní hladiny až o 15 m. Jindy se při silných deštích rozlévá řeka na středním a dolním toku do šířky 10 až 25 km a takto široká je až 70 dní. Mohou tak být částečně zatopená velká města Blagověščensk a Chabarovsk. K velkým záplavám došlo v letech 1897, 1928, 1956. Průměrný roční odtok je 343 km³ (tzn. průtok 10 800 m³/s), u Chabarovsku 7 549 m³/s a u Pokrovky na začátku Amuru 868 m³/s.
Využití
Lodní doprava na AmuruChabarovsk na pravém břehu Amuru
Amur je velice významná řeka a jako takový se stal zdrojem pro mnohá jména. Byla podle něj pojmenována Amurská oblast (federální subjekt Ruské federace) i hokejový klub Amur Chabarovsk. Stejně tak se promítla do pojmenování organismů žijících v jejím povodí. Jako původní oblast výskytu dala v českém jazyce jméno např. amurům či užovce amurské.