Po zřízení Protektorátu Čechy a Morava vznikla v Praze v rámci okupačního aparátu Ústředna pro židovské vystěhovalectví (Zentralstelle für jüdische Auswanderung), později přejmenovaná na Ústřední úřad pro uspořádání židovské otázky v Čechách a na Moravě. Za instituci, která bude vykonávat příkazy Ústředny, byla určena Židovská náboženská obec v Praze, která v té době spravovala i muzeum. V roce 1942 přišel pracovník Pražské obce JUDr. Karel Stein (1906–1961) s návrhem, aby byl v Praze pod hlavičkou muzea uschován movitý majetek židovských obcí na území Protektorátu. Předměty z vylidněných židovských obcí, jejichž členové byli deportováni do terezínského ghetta, byly interpretovány jako výlučně umělecké, a tedy vhodné pro uchování.
Nacisté s tímto návrhem souhlasili. Z jejich pohledu jim měli židovští pracovníci muzea ulehčit práci. Konvenovala jim představa, že v Praze bude shromážděn veškerý movitý majetek židovských obcí Čech a Moravy, i když se nedá vyloučit, že sledovali i jiné záměry. Často citovaná domněnka, že nacisté usilovali vytvořit takzvané muzeum vyhynulé rasy, není fakticky doložena. Skutečností naproti tomu je, že v důsledku válečných událostí počet muzejních předmětů mezi lety 1941–1945 z několika tisíc mnohonásobně vzrostl a že veškerá aktivita v tomto směru vycházela ze strany Pražské židovské obce. Muzeum pracovalo velmi profesionálně pod odborným vedením Tobiase Jakobovitse a Josefa Poláka.
Poválečné období (1945–1994)
Po válce, jejímiž oběťmi se stalo na 80 000 českých a moravských židů, nebylo až na výjimky komu vracet v muzeu uschované a konfiskované předměty. Muzeum s novým posláním připomínat válečnou tragédii obnovilo již 13. května1945 svou činnost pod správou Rady židovských náboženských obcí a vedením Hany Volavkové a 26. června 1946 se pak uskutečnila první poválečná výstava muzea.Kromě předmětů židovské hmotné kultury začalo muzeum spravovat také knihy, které ve válce ztratily své majitele: tyto knihy se pak staly součástí muzejní knihovny, jež oficiálně vznikla roku 1950.
Dne 4. dubna1950 bylo muzeum komunistickým režimem zestátněno a přejmenováno na Státní židovské muzeum. V období komunistické diktatury až do jejího pádu v listopadu 1989 byla existence muzea z ideologických důvodů opakovaně zpochybňována. Činnost muzea podléhala přísnému dohledu státních orgánů. Pod záminkou boje proti sionismu byla omezována až znemožňována jeho výstavní, badatelská a publikační činnost stejně jako kontakty se zahraničními odborníky. Snáze se prosazovala jen vybraná témata, která se hodila do konceptu boje za mír a proti fašismu. Odkazem na tento smysl obhajovalo muzeum kupříkladu vytvoření památníku českým a moravským obětem šoa, pro nějž se rozhodlo roku 1954 a slavnostně jej otevřelo o 6 let později. Stát se nestaral ani o sbírky, ani o budovy, v nichž muzeum sídlilo. To nicméně neznamená, že muzeum rezignovalo na jakoukoli obtížněji prosaditelnou iniciativu: Josef Hráský se v letech 1960–1971 staral o pořádání sbírek drahých kovů a cínu. Muzeum mimo jiné začalo v roce 1965 vydávat odborný časopis Judaica Bohemiae, který vychází dosud.
Židovské muzeum v Praze je jedním z nejstarších a kontinuálně existujících židovských muzeí na světě. Spravuje rozsáhlou sbírku judaik a bohatý knižní a archivní fond. Většina exponátů pochází z majetku židovských obcí a rodin, které byly vyvražděny během holokaustu. Kromě svého tragického válečného osudu je sbírka ojedinělá i tím, že pochází z jednoho uceleného území. Ve svém souhrnu tak podává celistvý obraz o životě a historii Židů v regionu Čech a Moravy a je nositelem jejich kulturní a duchovní paměti. Muzeum sídlí v pražských synagogách a dalších židovských památkách.
Od roku 1996 v Praze a od roku 2006 i v Brně slouží k rozvíjení osvětové a vzdělávací činnosti Židovského muzea v Praze samostatné oddělení.[6]
V únoru 2014 muzeum otevřelo v Maiselově ulici Informační a rezervační centrum s multimediálním informačním prostorem a nabídkou doplňujících služeb.[7]
Zajímavosti
S návštěvností mezi 650 000–700 000 návštěvníků ročně se jedná o jednu z nejvíce vyhledávaných památek v Česku.[8]
↑ Návštěvnost muzeí a galerií. statistikakultury.cz [online]. Národní informační a poradenské středisko [cit. 2020-7-7]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2020-07-07.