Вывяржэнне інданезійскагавулкана ў 1815 годзе выклікала глабальнае змяненне клімату і стала адной з прычын масавага голаду, які ахапіў у тым ліку Каралеўства Вюртэмберг ў пачатку ХІХ стагоддзя. У 1818 годзе кароль Вільгельм I заснаваў сельскагаспадарчую акадэмію ў Гогенгейме, прадмесце Штутгарта, каб радыкальна палепшыць агульнае становішча з прадуктамі харчавання ў каралеўстве з дапамогай навучання, эксперыментаў і дэманстрацый, і тым самым заклаў аснову для Гогенгеймскага ўніверсітэта. У той час там навучалася 18 студэнтаў і было ўсяго 3 прафесары. Гэтая вучэльня ніяк гістарычна не звязаная з Штутгарцкім універсітэтам, заснаваным у 1829 годзе, хоць паміж вучэльнямі і існуе цеснае супрацоўніцтва. Першым дырэктарам вучэльні быў Ёган Непамук Шверц, яна размясцілася ў палацы Гогенгейм, пабудаваным Карлам Яўгенам, герцагам Вюртэмбергскім.
У 1847 годзе навучальнай установе было прысвоена назва "Акадэмія сельскай і лясной гаспадаркі". У 1904 годзе назва была зменена на "Сельскагаспадарчая вышэйшая школа". Вучэльня ў Гогенгейме атрымала права прысуджаць доктарскія ступені ў 1918 годзе. З прызначэннем Маргарыты фон Врангель на кафедру харчавання раслін у 1923 годзе яна стала першай жанчынай-прафесарам у нямецкім універсітэце. У перыяд нацыянал-сацыялізму універсітэт быў прыведзены ў адпаведнасць з ідэалогіяй партыі, і таму ў 1945 годзе ён быў вымушаны зачыніцца.
Універсітэт зноў адкрыў свае дзверы ў 1946 годзе, ягоны будынак перажыў Другую сусветную вайну адносна непашкоджаным. У 1964 годзе былі створаны факультэты сельскагаспадарчых навук і прыродазнаўчых навук, а ў 1968 годзе - факультэт бізнесу, эканомікі і сацыяльных навук. Вучэльня карыстаецца ўніверсітэцкім статусам з 1967 года, калі атрымала сваю сучасную назву.
Сёння тут навучаецца каля 9 000 студэнтаў і працуе каля 900 выкладчыкаў, з якіх крыху больш за 100 з'яўляюцца прафесарамі. У цяперашні час ва ўніверсітэце працуе больш за 2 000 чалавек.
Структура
Факультэт прыродазнаўчых навук
Інстытут прыкладной матэматыкі і статыстыкі
Інстытут біялагічнай хіміі і харчавання
Інстытут батанікі
Інстытут хіміі
Інстытут генетыкі
Інстытут навук аб харчаванні і біятэхналогій
Інстытут харчовай хіміі
Інстытут мікрабіялогіі
Інстытут фізікі і метэаралогіі
Інстытут фізіялогіі
Інстытут фізіялогіі і біятэхналогіі раслін
Інстытут заалогіі
Факультэт сельскагаспадарчых навук
Інстытут аграрнай палітыкі і тэорыі сельскагаспадарчага рынку
Інстытут агратэхнікі
Інстытут глебазнаўства і ландшафтазнаўства
Інстытут навук аб культурных раслінах
Інстытут ландшафтнай і расліннай экалогіі
Інстытут сельскагаспадарчага навучання
Інстытут сельскагаспадарчых навук
Інстытут селекцыі раслін, даследаванняў насення і папуляцыйнай генетыкі
Інстытут фітамедыцыны
Інстытут сацыяльных навук сельскагаспадарчай сферы
Інстытут трапічных сельскагаспадарчых навук
Цэнтр па арганічнаму земляробству і абароне правоў спажыўцоў
Эксперыментальная станцыя сельскагаспадарчых навук
Факультэт эканамічных і сацыяльных навук
Інстытут фінансавага менеджменту
Інстытут аховы здароўя і дзяржаўнага кіравання
Інстытут маркетынгу і менеджменту
Інстытут ііжарганізацыйнага кіравання і прадукцыйнасці
