Атон быў сынам Генрыха XIII, і ўнукам герцага Атона II. Дзякуючы яго маці Лізавеце Венгерскай, ён меў права на венгерскі прастол. Па завяшчанні бацькі з 1290 года Атон быў адзінаўладным герцагам Ніжняй Баварыі, і нават яго браты Стэфан I і Людвіг III, якія былі яго суправіцелямі, ва ўсім падпарадкоўваліся яму.
Адной з задач сваёй знешняй палітыкі Атон бачыло далучэнне Штырыі. Ён праводзіў антыгабсбургскую палітыку, таму заняў бок Адольфа Насаускага ў барацьбе супраць будучага германскага караля Альбрэхта I. У 1298 годзе Атон прыняў удзел у няўдалай для яго бітве з Альбрэхтам, але атрымаў раненне, а Адольф загінуў.
Стаўшы каралём Альбрэхт адняў у Атона крэпасці, раней падораныя Гогенштаўфенамі: Паркштайн і Вайдэн. У 1301 годзе Атону была прапанавана карона Св. Іштвана, але ён першапачаткова адмовіўся з прычыны цяжкага ўнутранага становішча Венгрыі. У той жа час ён падтрымліваў прынца Вацлава ў барацьбе супраць Альбрэхта. У 1305 яму яшчэ раз прапанавалі карону, новы чэшскі кароль Вацлаў III (былы кароль Венгрыі Ласла V) саступіў яму сваё права на венгерскі прастол. На шляху з Прагі ў Венгрыю ляжала Аўстрыя, якая належала Альбрэхту, таму Атон, перапрануты купцом 11 лістапада1305 года прыбыў у Пешт. 6 снежня таго ж года быў каранаваны ў Секешфехервары каралём Венгрыі і Харватыі пад імем Бела V.
Уся палітыка Атона цярпела няўдачу. У 1307 годзе ён быў арыштаваны прыхільнікамі прэтэндэнта на венгерскі прастол Карла Роберта Анжуйскага і быў дастаўлены да яго. У кастрычніку 1307 года ён перадаў правы на прастол Карлу Роберту. Затым ён трохі затрымаўся ў свайго стрыечнага брата Генрыха фон Глогау, заручыўшыся з яго дачкой Агнесай. У лютым 1308 года ён вярнуўся ў Ландсгут, а 18 мая1309 года ажаніўся з Агнесай.
Канфлікт з Габсбургамі, які прывёў у 1310 годзе да спусташэння баварскага горада Бурггаўзен, скончыўся 2 лютага1311 года мір, падпісаным у Зальцбургу. У Атона пачаліся вялікія фінансавыя цяжкасці, у сувязі з чым ён павялічыў падаткі. У розны час меў чатырох суправіцеляў: Людвіга III (1290—1296), Стэфана I (1290—1309), Атона IV (1309—1334), Генрыха XIV (1309—1334).
Атон памёр 9 верасня 1312 года і быў пахаваны ў галоўным кляштары Ландсгута.
Сям’я і дзеці
У першым шлюбе з Кацярынай Габсбург, дачкой германскага караля Рудольфа I. Ад яе меў дзяцей:
Рудольф (1280—1280), памёр на працягу года пасля нараджэння
Генрых (1280—1280), памёр на працягу года пасля нараджэння
Другі раз ажаніўся з стрыечнай пляменніцай Агнесай Глагоўскай. Меў дзяцей: