İki ölkə arasında diplomatik əlaqələr 2011-ci ildə qurulmuşdur[1]. 23 oktyabr2012-ci il tarixində Azərbaycan Respublikası və Cənubi Sudan Respublikası arasında diplomatik münasibətlərin qurulması barədə Birgə Kommunike imzalanmışdır[1].
Yüksək səviyyəli qarşılıqlı səfərlər
İlk səfər Cənubi Sudan tərəfindən həyata keçirilmişdir. Belə ki, 28 iyun - 1 iyul 2012-ci il tarixində Bakıda keçirilmiş "Crans Montana Forum"unun 23-cü illik yubileyində iştirak etmək məqsədilə Cənubi Sudanın xarici işlər naziri Nhial Deng Nhial Azərbaycanda səfərdə olmuşdur[1].