Misir Ərəb Respublikası Azərbaycan Respublikasının müstəqilliyini 26 dekabr 1991-ci ildə tanıyıb. 4 aprel 1992-ci ildə isə diplomatik münasibətlərin yaradılması haqqında Protokol imzalanıb. 1993-cü ilin aprel ayından Misirin Bakıda və 1994-cü ilin yanvar ayından Azərbaycanın Qahirədə səfirlikləri fəaliyyətə başlayıb. Bu, həm də Azərbaycanın Afrika qitəsindəki ilk səfirliyidir.
Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsinin həlli məsələsində Misir Azərbaycanın ərazi bütövlüyünü dəstəkləyən dövlətlərdəndir. İslam Konfransı Təşkilatı və digər beynəlxalq qurumlarda da Azərbaycan həmişə Misir nümayəndələrinin dəstəyini qazanıb.
1994-cü ilin sentyabrında Azərbaycan Respublikasının PrezidentiHeydər ƏliyevBMT-nin Əhali və İnkişaf üzrə Beynəlxalq Konfransında iştirak etmək üçün Qahirəyə işgüzar səfər edib. Səfər çərçivəsində o, Misir Prezidenti Hüsnü Mübarəklə görüşüb. Görüş zamanı Azərbaycanla Misir arasında münasibətlərin möhkəmləndirilməsi və əməkdaşlığın yeni perspektivlərinin müəyyənləşdirilməsi istiqamətində çox mühüm məsələlər müzakirə edilib.
İki ölkənin prezidentləri Heydər Əliyev və Hüsnü Mübarək həmin ilin dekabrında Kasablankada İslam Konfransı Təşkilatının zirvə toplantısında da görüşüblər. Həmin görüşdə ikitərəfli münasibətlər, Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsi, Azərbaycanın ərəb dünyası ilə əlaqələri müzakirə olunub.
Azərbaycan inşaat, əczaçılıq, kənd təsərrüfatı, eləcə də təhsil, mədəniyyət, informasiya texnologiyaları sahəsində Misirlə əməkdaşlığa maraq göstərir. Bundan əlavə, azad iqtisadi zonaların yaradılması, yeni elektrik stansiyalarının tikintisi, şəkər istehsalı, əczaçılıq sənayesinin inkişafı ilə bağlı müxtəlif layihələr hazırlanıb. Azərbaycan hökuməti bu ölkə ilə münasibətlərə xüsusi əhəmiyyət verir və onların gələcəkdə daha da genişləndirilməsinə çalışır.
6-13 noyabr 2005-ci il və 20-28 noyabr 2006-cı il tarixlərindəmüvafiq olaraq Misirdə və Azərbaycanda mədəniyyət günləri keçirilib.
6-8 may 2007-ci il tarixində Azərbaycan Respublikasının Prezidentiİlham Əliyev Misir Ərəb Respublikasında rəsmi səfərdə olub. Səfərin birinci günündə Qahirədə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin və Misir Ərəb Respublikasının Prezidenti Hüsni Mübarəkin təkbətək görüşü olub. Görüşdə ölkələrimiz arasında əlaqələrin müxtəlif sahələrdə uğurla inkişaf etdiyi bildirilib. Azərbaycan Prezidentinin bu səfərinin qarşılıqlı münasibətlərin daha da genişləndirilməsinə imkan yaradacağına əminlik vurğulanıb.
İlham Əliyev mayın 6-da Qahirədə Azərbaycan Respublikasının Misir Ərəb Respublikasında kı səfirliyinin yeni binasının açılış mərasimində iştirak edib. Açılışda Misir Ərəb Respublikasının Bas Naziri Əhməd Nazif, Beynəlxalq Əməkdaşlıq Naziri Faizə Əbul Nəqa, Neft Naziri Samih Fəhmi, Misir Xalq Məclisinin (Parlamentin) deputatları, Hakim Milli Demokratik Partiyasının üzvləri və digər rəsmi şəxslər iştirak ediblər.
Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev mayın 7-də Misir Ərəb Respublikasının Parlamentinə - Xalq Məclisinə gəlib və Parlament Sədri Əhməd Fəthi Sürurla görüşüb. İlham Əliyevə xüsusi medal təqdim olunub. Qızıldan hazırlanmış bu medal Misir Xalq Məclisinin ali qonaqlarına təqdim edilir.
Həmin gün İlham Əliyev Misir Ərəb Respublikası Nazirlər Şurasının binasında Baş nazir Əhməd Nazif ilə görüşüb. Söhbət zamanı iki ölkə arasında iqtisadi əməkdaşlığın inkişafından məmnunluq bildirilib və bu sahədə əlaqələrin daha da dərinləşdirilməsi üçün böyük potensialın olduğu vurğulanıb. İqtisadi münasibətlərin daha da genişlənməsində Azərbaycan-Misir hökumətlərarası komissiyasının fəal rol oynayacağına əminlik ifadə edilən görüşdə Prezident İlham Əliyevin səfəri çərçivəsində imzalanacaq sənədlərin bu işə öz töhfəsini verəcəyi bildirilib.
Görüşdən sonra İlham Əliyevin və Əhməd Nazifin iştirakı ilə sənədlərin imzalanma mərasimi olub. İdman sahəsində, iki ölkənin ədliyyə nazirlikləri, kənd təsərrüfatı nazirlikləri, dövlət informasiya agentlikləri, poçt təşkilatları arasında əməkdaşlıq haqqında sazişlər; turizm sahəsində, iki ölkənin daxili işlər nazirlikləri, Azərbaycan Respublikasının M.F.Axundov adına Milli Kitabxanası və Misir Ərəb Respublikasının İsgəndəriyyə Kitabxanası, Azərbaycanın Abşeron İcra Hakimiyyəti və Misirin Qəlyubiyyə İcra Hakimiyyəti arasında Anlaşma Memorandumu; Azərbaycanın Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyi və Misirin Mineral Ehtiyatlar Qurumu arasında texniki əməkdaşlıq Protokolu, İnformasiya Texnologiyaları Nazirlikləri arasında əməkdaşlıq haqqında Anlaşma Memorandumuna və iki ölkənin hökumətləri arasında hava nəqliyyatı haqqında sazişə əlavə Protokol imzalanıb.
Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev mayın 7-də Qahirədə Ərəb Dövlətləri Liqasının (ƏDL) iqamətgahına gəlib. Bas Katib Amr Musa ilə görüşündə Azərbaycan ilə ƏDL arasında əməkdaşlığın vəziyyəti, bu əlaqələrin genişləndirilməsi perspektivləri müzakirə olunub. İlham Əliyev həmçinin Ərəb Dövlətləri Liqasının üzvü olan ölkələrin səfirləri ilə də görüşüb.
Həmin gün Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev Əl-Misir Əl-Cədidə iqamətgahında MƏR-in Beynəlxalq Əməkdaşlıq Naziri, "Elmi-Texniki Əməkdaşlıq üzrə Azərbaycan-Misir Müştərək Komissiyası"nın misirli həmsədri xanım Faizə Əbul Nəqanı qəbul edib. Görüşdə ölkələrimiz arasında iqtisadi əlaqələrin genişləndirilməsi, Misirli iş adamlarının Azərbaycana sərmayə qoyulmasına cəlb edilməsi ilə bağlı fikir mübadiləsi aparılıb.
29 aprel 2008-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Misir Ərəb Respublikasının Prezidenti Zati-aliləri cənab Məhəmməd Hüsni Mübarəkə 80 illik yubileyi münasibətilə təbrik məktubu göndərib.
