وبمرور الزمن أختل البناء وتعرض للسقوط وتضعضعت منهُ القواعد والأركان لولا أن تداركهُ سعيد باشا والي بغداد في عهد مماليك العراق، فأعاد إعمارهُ وبنائهُ بأحسن مما كان عليهِ وكتب تاريخ ذلك على محراب المصلى بأبيات شعرية هي:
جوامع ذكر الله بالخير أسست
ولا زال بنيانها يبوء بنعمة
فيها مسجد من بعدما عرصاته
تعفت على طول المدى فأقشعرت
وصارت حضيضاً يحجل الطير فوقها
وأركانه اقوت وبالذكر هدت
بناها وزير العدل ثم اجادها
برصف لهُ الأهرام دانت فذلت
وزير باعياء الخلافة قائم
تراه سليمان الوزير الخليفة
حباه سعيد أسعد الله نصره
وأسعدنا فيهِ باحسن سيرة
أقام أساطير الصلواة بجامع
وشيد أركان الهدا واشمعلت
إلى أن أتم الصنع قلت مؤرخاً
سعيدا مقيما جامع القمرية
سنة 1237هـ الموافق عام 1821م.