Wae Nuwa mengalir dari timur ke barat, dekat desa Laru, melewati beberapa desa, yaitu Desa Tiwu Riwung di arah hulu, kemudian Desa Cunca Wulang, Desa Tondong Belang, Desa Liang Ndara dan bermuara di Kecamatan Komodo di arah hilir.
Di arah hulunya Wae Nuwa hanyalah sungai kecil, namun semakin ke barat semakin besar karena adanya pertemuan dengan beberapa sungai kecil lainnya.
Anak sungai
Anak-anak sungai yang mengalir ke Wae Nuwa di antaranya: Wae Dangga, Wae Miteng, Wae Watu Bakok, Wae Bulung, Wae Rawas, Wae Pungkang, Wae Mene dan masih banyak yang lainya.
Geografi
Sungai ini mengalir di wilayah barat pulau Flores yang beriklimsabana (kode: Aw menurut klasifikasi iklim Köppen-Geiger).[3] Suhu rata-rata setahun sekitar 22 °C. Bulan terpanas adalah September, dengan suhu rata-rata 24 °C, and terdingin Juli, sekitar 20 °C.[4] Curah hujan rata-rata tahunan adalah 1914 mm. Bulan dengan curah hujan tertinggi adalah Desember, dengan rata-rata 340 mm, dan yang terendah September, rata-rata 6 mm.[5]