Scotus menemukan bahwa landasan telah dibuka untuk konflik dengan para pengikut Thomas Aquinas. Ia sangat bebas menggunakan Aristotelianisme, namun dalam penggunaannya ia melontarkan kritik yang tajam, dan dalam poin-poin penting menganut ajaran Sekolah Fransiskan Lama – terutama yang berkaitan dengan pluralitas bentuk atau jiwa, masalah spiritual dari malaikat dan jiwa, dll., dimana dia dengan penuh semangat melawan Aquinas. Skotisme, atau apa yang dikenal sebagai Sekolah Fransiskan Belakangan, dengan demikian hanyalah kelanjutan atau pengembangan lebih lanjut dari aliran yang lebih tua, dengan penerimaan yang lebih luas, meskipun tidak eksklusif terhadap Bergerak ide. Perbedaan antara Thomisme dan Scotisme dapat diungkapkan dengan mengatakan bahwa, meskipun keduanya berasal dari ArabNeoplatonisasi Aristotelianisme, Thomisme lebih dekat dengan Aristotelianisme ortodoks dari Maimonides, Averroes dan Avicenna, sedangkan Scotisme mencerminkan kecenderungan Platonisasi sejak masa Avicebron, Brethren dari Kemurnian, Liber de Causis dan Proclus ke Plotinus.
Mengenai hubungan sekolah-sekolah ini satu sama lain, atau hubungan Scotus dengan Alexander dari Hales dan Bonaventura, lihat karya Flemish Recollect, Mathias Hauzeur. Meskipun Thomisme mendapat dukungan yang tak tertandingi dari Magisterium,[3] Pengaruh Skotlandia mendominasi sejumlah poin penting, tidak terkecuali doktrin Dikandung Tanpa Noda.
