马德里康普顿斯大学的历史可以追溯到中世纪。1293年5月20日,西班牙国王桑丘四世(西班牙語:Sancho IV de Castilla)在埃纳雷斯堡建立了一所综合学校。1499年,教宗亚历山大六世同意西斯内罗斯樞機的请求,在综合学校的基础上建立一所完全大学,并发布教宗诏书以学校所在地埃纳雷斯堡的拉丁语名称(Complutum)为该大学命名为马德里孔普鲁腾西斯大学(Universitas Complutensis)。1836年学校搬到马德里。1850年,合并一些院校后更名为马德里大学(Universidad de Madrid),也叫中央大学(Universidad Central)。1970年恢复原名。