KEGG

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研究中心	京都大学
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KEGG（英語：Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因與基因组百科全書，日语：京都遺伝子ゲノム百科事典）是一套日本於1995年制定的人類基因組計劃，此為關於基因组、酶促途径以及生物化学物质的在线数据库。其途径数据库PATHWAY之中记录的是细胞之中的分子相互作用网络以及具体生物所特有的变化形式。 但是它有一個缺點『無法由網頁介面作進一步的計算，例如建立複雜的調控網，或是找出反應之間可能的交互作用』。

介绍

KEGG数据库项目由京都大学化学研究所教授金久实在1995年於日本人類基因組計劃首次提出。^[1][2] 鑒於電算資源可用以輔助基因組序列數據的生物學詮釋，金久實開始研發KEGG PATHWAY數據庫。KEGG PATHWAY數據庫由一系列經人手繪製而成KEGG代謝路徑圖的構成，以代表關於代謝以及其他細胞與生物機能的實驗成果。每一張路徑圖俱包括了一個分子互動與反應的網絡圖，為連繫基因組內之基因及路徑所示過程生成的基因產物（以蛋白質為主）而設。此數據庫衍生了KEGG路徑作圖的分析步驟，將基因組內的基因內容與KEGG PATHWAY數據庫比對，以調查可能在基因組中有相關紀錄的路徑及其相關功能。

開發者表示，KEGG是生物系統的「電腦表達形式」（computer representation）。^[3]KEGG將生物系統的零件與線路綜合為一，具體而言，其所整合的是基因與蛋白質的遺傳部件、小分子及化學反應的化學部件、以及分子互動與反應網絡的線路圖。此概念於KEGG的數據庫之下，系統、基因組學、化學、健康資訊的分類下得以實現。^[4]

• 系统信息
  • PATHWAY — 細胞與生物機能的路徑圖
  • MODULE — 基因模組與功能單位
  • BRITE — 生物實體的階層分類
• 基因组信息
  • GENOME — 基因組全體
  • GENES — 基因組全域的基因與蛋白列表
  • ORTHOLOGY — 基因組全域的基因直系同源組別
• 化学信息
  • COMPOUND, GLYCAN — 化合物與聚糖
  • REACTION, RPAIR, RCLASS — 化學反應
  • ENZYME — 酶命名法
• 健康信息
  • DISEASE — 人類疾病
  • DRUG — 已批准藥物
  • 环境 — 生药及与健康相关的物质

參考資料

1. Kanehisa M, Goto S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res. 2000, 28 (1): 27–30. PMC 102409 . PMID 10592173. doi:10.1093/nar/28.1.27. 
2. Kanehisa M. A database for post-genome analysis. Trends Genet. 1997, 13 (9): 375–6. PMID 9287494. doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7. 
3. Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, Katayama T, Araki M, Hirakawa M. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res. 2006, 34 (Database issue): D354–7. PMC 1347464 . PMID 16381885. doi:10.1093/nar/gkj102. 
4. Kanehisa M, Goto S, Sato Y, Kawashima M, Furumichi M, Tanabe M. Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG. Nucleic Acids Res. 2014, 42 (Database issue): D199–205. PMC 3965122 . PMID 24214961. doi:10.1093/nar/gkt1076. 

外部链接

• KEGG主页 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
• Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes （页面存档备份，存于互联网档案馆）
• MetaBase的KEGG條目