後深草天皇（日语：後深草天皇／ごふかくさてんのう Go-fukakusa Tennō；1243年6月28日—1304年8月17日），日本第89代天皇（1246年2月16日—1260年1月9日在位）。名久仁（日语：久仁／ひさひと Hisahito）。他是後嵯峨天皇之子。
後嵯峨天皇禪位予其子後深草天皇後，又因愛幼子而反悔，廢長立幼，1259年逼退了後深草天皇，後深草天皇憤怒而剃髮出家。後嵯峨天皇立了另外一位愛子恆仁為龜山天皇，龜山天皇後裔稱為大覺寺統，後深草天皇子孫稱為持明院統，兩系皇統對立，雙方後在鐮倉幕府的調停下決定兩系皇室分別繼任天皇，史稱兩統迭立。