在真核生物细胞裡,DNA的染色质复合体结构像原核生物的超螺旋一样折叠。虽然增强子与基因相距很多核苷酸,但在几何上两者距离很近。使增强子与总转录因子及RNA多聚酶II的相互作用成为可能。增强子可以在被它调控基因的上游或下游(英语:Upstream and downstream (DNA))。而且增强子不一定靠近转录起始位点才能调控基因转录,已发现有些距离达几十万碱基对。增强子通过与激活蛋白的结合对启动子(不直接对启动子本身)起作用。这些激活蛋白与中介體相互作用,后者通过與RNA聚合酶II和总转录因子結合开始基因转录。曾经在内含子内发现增强子。有时增强子的方向颠倒后并不影响它的功能。而且增强子可被切除并插入到染色体的其他位置,仍然影响基因转录。这就是虽然内含子并不转录但其多态性会起作用。
^Spilianakis C, Lalioti M, Town T, Lee G, Flavell R. Interchromosomal associations between alternatively expressed loci. Nature. 2005, 435 (7042): 637–45. PMID 15880101.