9 quốc gia châu Phi ban đầu tham gia cuộc giải. Cả Ethiopia và Ai Cập đều tự động đủ điều kiện vì là nước chủ nhà và đương kim vô địch. Maroc rút lui trước khi trận đấu bắt đầu, do đó chỉ còn lại 7 đội ganh đua cho hai vị trí còn lại ở vòng chung kết.
8 đội tuyển được ghép đôi với nhau và đá loại trực tiếp thể thức sân nhà - sân khách. Sau đó, 4 đội chiến thắng sẽ tiến vào vòng hai. Những đội chiến thắng ở vòng 2 sẽ đủ điều kiện tham gia vòng chung kết.
Vòng loại diễn ra trong khoảng thời gian từ ngày 8 tháng 4 đến ngày 10 tháng 12 năm 1961.
Tổng tỷ số là 1-1 sau 2 trận đấu. Cả Kenya và Uganda đều muốn đá thêm một trận nữa để phân thắng bại thay vì bốc thăm. CAF đã đồng ý yêu cầu đó và tổ chức thêm một trận playoff.
Đội Nigeria đã rời sân sau bàn gỡ hòa của Tunisia ở phút 65. Do đó, Tunisia đã được xử thắng 2-0 và đủ điều kiện tham dự vòng chung kết với tổng tỷ số 3-2.
Uganda đủ điều kiện trực tiếp sau khi bốc thăm bởi CAF giữa ba đội Nigeria, Uganda và Tunisia.
