Blobel sinh tại Waltersdorf thuộc tỉnh Niederschlesien khi ấy thuộc Phổ. Tháng giêng năm 1945 gia đình ông đã chạy trốn trước cuộc tấn công của Hồng quân. Trên đường chạy về phía Tây, họ đã đi qua thành phố Dresden cổ xưa đẹp đẽ – nơi đã để lại ấn tượng sâu đậm trong lòng cậu bé. Nhưng chỉ vài ngày sau thành phố này đã bị ném bom tan tành từ ngày 13 tới 15 tháng 2 năm 1945. Gia đình cậu đã chứng kiến cảnh bom tàn phá Dresden từ khoảng cách 30 cây số, và cậu bé lại mang ấn tượng sâu xa về cảnh bầu trời rực lửa ban đêm của thành phố bị bốc cháy. Tuy nhiên, những mất mát do chiến tranh gây ra đối với cậu không dừng lại ở đó, chiến tranh còn cướp đi người chị gái 19 tuổi của cậu, khi chị đi trên chuyến xe lửa và bị máy bay chiến đấu oanh tạc ngày 10.4.1945, rồi bị chôn trong một nấm mồ tập thể.
Blobel cũng nổi tiếng về hoạt động hỗ trợ trực tiếp cho việc tái thiết thành phố Dresden ở Đức. Năm 1994, ông là người sáng lập và là chủ tịch của "Friends of Dresden, Inc.", một tổ chức bất vụ lợi trợ giúp cho Dresden. Ông đã tặng toàn bộ số tiền thưởng của giải Nobel cho việc phục hưng thành phố Dresden, đặc biệt cho việc tái thiết Frauenkirche (nhà thờ Đức Bà, hoàn tất năm 2005) và xây một synagogue (đền thờ đạo Do Thái).