Năm 1982, Hòa thượng Thích Vĩnh Khương đến tiếp quản điện thờ. Kể từ đó điện thờ này thuộc về Giáo hội Phật giáo Việt Nam. Đến năm 1984, thì điện Ngọc Hoàng được đổi tên là "Phước Hải Tự".
Kiến trúc và thờ phụng
Chùa Ngọc Hoàng là một ngôi chùa cổ, làm theo kiểu đền chùa Trung Hoa với mô típ trang trí rực rỡ. Chùa xây gạch, mái lợp ngói âm dương, trang trí bờ nóc, góc mái bằng nhiều tượng gốm màu. Trong chùa có nhiều tác phẩm nghệ thuật: tranh thờ, tượng thờ, bao lam, liễn đối, hương án... bằng các chất liệu: gỗ, gốm, giấy bồi.
Khuôn viên chùa rộng khoảng 2.300 m2. Phía trước có ngôi miếu nhỏ đặt tượng Hộ pháp. Cổng tam quan nổi bật với những đường nét uốn lượn hình sóng nước của hai con rồng theo tư thế "tranh châu".
Hàng ngày khách trong và ngoài nước đến chiêm bái chùa rất đông. Lễ hội lớn nhất là Vía Ngọc Hoàng diễn ra ngày 9 tháng Giêng (âm lịch) hàng năm, tương truyền là ngày sinh của Ngọc Hoàng Thượng đế. Ngày 15 tháng 10 năm 1994, chùa Ngọc Hoàng được công nhận là một di tích kiến trúc nghệ thuật cấp quốc gia[4].
^Năm khởi công xây dựng chùa Ngọc Hoàng các nguồn ghi không thống nhất. Theo Võ Văn Tường, thì chùa tạo dựng vào năm 1900 (Những ngôi chùa nổi tiếng Việt Nam. Nhà xuất bản Văn hóa-Thông tin, Hà Nội, 1994, tr. 488). Theo Vương Hồng Sển thì chùa tạo lập lối năm 1905 và hoàn thành vào năm 1906 (Sài Gòn năm xưa. Nhà xuất bản TP. HCM, 1911, tr. 211).
^Tương truyền, Nữ Oa Thánh mẫu là vị mẫu cai quản việc sanh nở dưới trần gian, còn 12 bà mụ và 13 đức thầy mỗi người lo một việc (nắn tay, chân,......) trong việc tượng hình một đứa trẻ. Vì vậy, nên không ít người hiếm muộn thường hay đến đây để cầu con. Xem bài viết trên báo Thanh Niên, đăng tải ngày 26 tháng 6 năm 2013 [1].