Син Хуана Рамона Верона на прізвисько «Відьма» (ісп.La Bruja), знаменитого футболіста «Естудьянтеса». В цьому ж клубі розпочинав кар'єру і Хуан Себастьян. Своє прізвисько «Відьмочка» (ісп.La Brujita) Хуан Себастьян отримав за аналогією з батьковим.
Після переходу в 2001 році з римського «Лаціо», у складі якого він у 2000 році став чемпіоном Італії, до англійського «Манчестер Юнайтед» клубна кар'єра Верона пішла на спад. Ні в Манчестері, ні в лондонському «Челсі», до якого він перейшов у 2003 році, Хуан Себастьян не показував того футболу, який був йому властивий під час виступів за італійські «Парму» та «Лаціо». В «Челсі» він взагалі рідко потрапляв до складу і 2 роки (2004—2006) провів в оренді в міланському «Інтері», де виступав трохи вдаліше, ніж в Англії.
В 2006—2007 роках виступав на правах оренди в «Естудьянтесі», в якому починав футбольну кар'єру понад 10 років тому, а потім аргентинський клуб викупив права на Верона у «Челсі». В Аргентині Верон знову став лідером команди, привів «студентів» до перемоги в Кубку Лібертадорес, а сам два сезони поспіль ставав найкращим гравцем Південної Америки (2008, 2009).
У 2010 році Дієго Марадона включив 35-річного Верона до складу збірної Аргентини на чемпіонат світу в ПАР. Для Верона цей турнір став третім у кар'єрі після ЧС-1998 і ЧС-2002. Серед аргентинців, заявлених на ЧС-2010, Верон провів найбільше матчів за збірну, а за віком поступався лише 36-річному форварду Мартіну Палермо.
Кар'єра в Мілані не вдалась,через конфлікт з гравцем ротації ( Боб Римський), через те контракт, щойно підписаний прийшлось перервати.
У 2004 році Пеле включив Верона до списку ФІФА 100, до якого увійшли 125 великих футболістів, що нині живуть.
24 червня 2012 року Хуан Себастьян Верон завершив кар'єру після матчу «Естудьянтеса» з «Уніоном»[1].
