У дорослому футболі дебютував 1997 року виступами за «Івердон Спорт», що виступав у другому за рівнем дивізіоні Швейцарії. У сезоні 1998/99 «Івердону» вдається вийти у вищу лігу Швейцарії. Всього в команді Маньєн провів три сезони, взявши участь у 96 матчах чемпіонату.
Протягом 2000–2002 років захищав кольори «Лугано», з яким 2001 року ставав віце-чемпіоном Швейцарії.
Своєю грою за останню команду привернув увагу представників тренерського штабу клубу «Вердер», до складу якого приєднався на початку 2002 року. Відіграв за бременський клуб наступні три з половиною сезони своєї ігрової кар'єри. За цей час разом з командою виборов титул чемпіона Німеччини.
Влітку 2005 року уклав контракт зі «Штутгартом», у складі якого провів наступні чотири роки своєї кар'єри гравця. Більшість часу, проведеного у складі «Штутгарта», був основним гравцем захисту команди. За цей час додав до переліку своїх трофеїв ще один титул чемпіона.
Завершив професійну ігрову кар'єру у клубі «Цюрих», за команду якого виступав протягом 2010–2012 років.
Протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 11 років, провів у формі головної команди країни 63 матчі, забивши 3 голи.
Кар'єра тренера
Розпочав тренерську кар'єру невдовзі по завершенні кар'єри гравця, 2014 року, очоливши одну з юнацьких команд «Цюриха», згодом з 2017 року тренував його молодіжну команду.
20 лютого 2018 року очолив тренерський штаб головної команди «Цюриха».
.svg){kind=small}
