Народився в Гренд-Айленді (штат Небраска) у родині Вільяма Брейса та Герберти Фонди; дитинство провів в Омасі. З дитинства мріяв про журналістику. У 1915 році в газеті «Данді Ньюс» було опубліковано невеличку розповідь Фонди — «Миша». У 1923 році Генрі Фонда поступає до Міннесотського університету на журналістику.
Життя Генрі змінилося після того, як йому запропонували зіграти у п'єсі «Ти і я». Після цього він обирає театральну кар'єру. Спочатку
працю у театрі Генрі Фонда поєднував із службою у кредитному банку. Але незабаром він остаточно переходить до театру. У 1929 році Фонда дебютував на Бродвеї у спектаклі «Гра любові та смерті». До 1934 року він грав малозначні ролі. І тільки після участі у рев'ю «Нові обличчя» йому стали давати головні ролі. У цьому ж році його запросили до Голлівуду, де було укладено угоду на дві картини з гонораром у 1000 доларів за тиждень.
Першим фільмом у кіно для Фонди стала стрічка «Фермер одружується» (The Farmer Takes a Wife, 1935). після цього Генрі Фонда знімається постійно. А з 1939 року здебільшого у видатного режисера Джона Форда. Усі герої Генрі Фонди цього часу — позитивні персонажі, сильні, міцні люди.
Водночас Фонда намагається зіграти й у комедійних кінофільмах — «Леді Єва», 1941 рік. Цей експеримент виявився вдалим.
З початком Другої світової війни, вступом у війну США, Генрі Фонда йде як доброволець на фронт (1942 рік) — вступає до Військово-морських сил. Починав з квартимейстера 30го рангу, а закінчив військову службу у жовтні 1945 року офіцером військово-повітряної розвідки.
Наприкінці 40-х на початку 50-х роках відбувається спад у кар'єрі актора: він усе менше знімається у фільмах. Новим етапом у його акторській діяльності став фільм «Містер Робертс», 1955 рік. Також у 60-70-ті роки Генрі Фонда не тільки активно знімається у кіно, а й бере участь у спектаклях, телевізійних фільмах. Останнім фільмом Генрі Фонда стала стрічка «На золотому озері» (1981 року).