Гамма-варіант (P.1) є одним із варіантів SARS-CoV-2, вірусу, що викликає COD-19I1. Цей варіантSARS-CoV-2 отримав назву лінії P.1 і має 17 амінокислотних замін, десять з яких у білку спайку, включаючи ці три, які викликають особливе занепокоєння: N501Y, E48 а тK7T.K4
Цей варіант SARS-CoV-2 вперше був виявлений Національним інститутом інфекційних захворювань Японії (NIID) 6 січня 2021 року у чотирьох людей, які прибули до Токіо, відвідавши Амазонас, Бразилія, чотири дні тому. Згодом було оголошено, що він знаходиться в обігу в Бразилії. Відповідно до спрощеної схеми найменування, запропонованої Всесвітньою організацією охорони здоров’я, P.1 було позначено як варіант гамма, і наразі він вважається варіантом, що викликає занепокоєння. На початку 2021 року гамма спричинила широку інфекцію в місті Манаус, столиці Амазонаса, хоча у травні 2020 року в місті вже була поширена інфекція[4] з дослідженням[5], яке вказує на високу серопоширеність антитіл до SARS-CoV-2.[6] Дослідницька стаття, опублікована в Науковому журналі, показує, що люди, інфіковані P.1, мають більший шанс зараження та смерті, ніж інфіковані B.1.1.28.[7]
Гамма-варіант включає два різних підваріанти 28-AM-1 і 28-AM-2, обидва несуть мутації K417T, E484K, N501Y, і обидва розвивалися незалежно один від одного в межах одного бразильського регіону Амазонки.[8]
Гамма помітно відрізняється від зета-варіанту (лінія P.2), який також активно поширювався в Бразилії. Зокрема, зета несе лише мутацію E484K і не має жодної з двох інших мутацій, що викликають занепокоєння, N501Y та K417T.[8][9]
Класифікація
Початкові звіти стверджували, що і P.1, і P.2 були двома окремими і різними нащадками бразильської лінії B.1.1.248. [10][11] Однак пізніше B.1.1.248 втратив статус окремої лінії та був перекласифікований до B.1.1.28. [12] P.1 також називається B.1.1.28.1 [13], а P.2 — B.1.1.28.2 або VUI-202101/01. [14] Оскільки в системі номенклатури PANGO Lineage дозволені лише три підрівні, звідси позначення B.1.1.28.1 до P.1 і B.1.1.28.2 до P.2. [15][16]
Після його виявлення дані геному для чотирьох зразків нового варіанту були передані в GISAID, яким був призначений діапазон ідентифікаторів: EPI_ISL_792680 до EPI_ISL_792683.[17]
Мутації
Амінокислотні мутації гамма-варіанта SARS-CoV-2, нанесені на карту геному SARS-CoV-2 з акцентом на Спайка.
Варіанти SARS-CoV-2, а також наявність восьми мутацій (чотири з цих синонімічних генетичних мутацій ) у відкритих рамках зчитування (ORF1a та ORF1b) – одним з яких є набір видалень – Гамма має 10 визначальних мутацій у білку спайка, включаючи N501Y та E484K. Він також має дві мутації – одна вставка – в його гені ORF8 і один у його гені N.[15][18]
Нащадок і підрід
Лінія коронавірусу B.1.1.28 породила чотири відомі лінії, які класифікуються як цікавий варіант (VOI) або варіант, що викликає занепокоєння (VOC): лінії P.1, P.2, P.3 і P.4.
Лінія P.2 (B.1.1.28.2, варіант Zeta), вперше виявлена в жовтні 2020 року в штаті Ріо-де-Жанейро, Бразилія, має лише одну мутацію, що викликає занепокоєння, з P.1, а саме E484K. [19] Інші мутації P.2 не викликають занепокоєння і рідко зустрічаються для інших варіантів. П’ять P.2-специфічних мутацій: E484K в S-гені, A119S в N-гені, 5'UTR C100U, плюс L3468V і synC11824U в гені ORF1ab . Інші мутації, які зазвичай зустрічаються в P.2: 3'UTR C29754U, F120F (synC28253U) в ORF8, M234I в N-гені, а також L3930F і synA12964G в ORF1ab.[20]
Решта похідного вірусу B.1.1.28 належить до лінії P.4. Хоча дослідники не визначили його точне походження, вперше він був секвенований в Ітірапіні, Бразилія, і вже циркулював у різних муніципалітетах штату Сан-Паулу тієї ж країни. Він несе мутацію, що викликає занепокоєння, у білку-шипу під назвою L452R, який також присутній у лінії B.1.617 (варіанти дельта та каппа), виявленої в Індії, варіант Epsilon (лінії B.1.427 та B.1.429) із Каліфорнії, Сполучені Штати.[22][23] Гілка цієї лінії — P.4.1 (VUI-NP13L) — імовірно, що вона виникла в Гоясі, Бразилія, приблизно в червні–липні 2020 року — також швидко поширилася на південний схід країни, де, наприклад, Taquara мала свою першу послідовність геному, і на північний схід нації. Це було виявлено на міжнародному рівні, зареєстровані випадки в Японії, Нідерландах та Англії. P.4.1 має мутації V1176F та D614G у білку спайка.[24]
12 січня 2021 року CADDE-центр Бразилії та Великобританії підтвердив 13 місцевих випадків лінії P.1 в Манаусі, штат Амазонас, найбільшому місті тропічних лісів Амазонки.[15] Новий рід був відсутній у 27 зразках, зібраних з березня по листопад 2020 року в Манаусі, але він був ідентифікований для того самого міста в 42% (n=13/31) зразків, зібраних 15–23 грудня 2020 року, а потім у 52,2% ( n=35/67) протягом 15–31 грудня 2020 року та 85,4% (n=41/48) протягом 1–9 січня 2021 року. Зокрема, P.2 швидко випередив P1 з другої половини грудня до 1–9 січня, коли частка P.2 для Манауса зменшилася з 25,4% до 6,3%.[15][82]
Дослідження 180 секвенованих бразильських зразків, зібраних у штаті Ріо-де-Жанейро протягом 2020 року, виявило появу нової лінії P.2 SARS-CoV-2 (походить із B.1.1.28). P.2 вперше був виявлений за допомогою секвенування геному в жовтні 2020 року, але, за оцінками, він з’явився на початку липня 2020 року [20] . Станом на грудень 2020 року, хоча його частота значно зросла по всьому штату, вона все ще була в основному обмежена столицею штату Ріо-де-Жанейро. У травні 2020 року основними лініями, що стояли за позитивними на COVID-19, були B.1.1.33 (70%) і B.1.1.28 (20%), тоді як до вересня основними лініями були B.1.1.33 (50%) і B.1.1.28 (40%), без виявленої присутності P.2, тоді як протягом жовтня та листопада P.2 була найпоширенішою лінією з часткою близько 50% (за даними інструменту Pangolin).[83] Дослідження також виявило, що мутація E484K «широко поширена» у всіх проаналізованих зразках P.2 (36 з 38).[83]
Дослідники з Фонду Освальдо Круза опублікували препринт геномного епідеміологічного дослідження 250 зібраних геномів з різних місць Амазонасу і виявили, що інфекції P.1 можуть спричиняти майже в 10 разів більше вірусного навантаження, ніж у інших інфікованих COVID-19 осіб, які стосуються лінії B.1.1. .28 і B.1.195. Лінія також продемонструвала в 2,2 рази вищу трансмісивність з однаковою здатністю інфікувати як дорослих (18–59 років), так і літніх людей (60 років і вище), що свідчить про те, що P.1 та його підліні є більш успішними в зараженні молодих людей без гендерний диференціал.[84]
Центр виявлення, діагностики, геноміки та епідеміології арбовірусів (CADDE) випустив ще одну журнальну статтю зі зразками, зібраними в Манаусі з листопада 2020 року по січень 2021 року. Дослідження показало, що лінія P.1 становить приблизно 2.0 (50% CI, 1.7–2.4) більш передається і було показано, що він здатний уникати близько 32 (50% CI, 21–46) спадкового імунітету від попередніх коронавірусних захворювань, що призводить до можливості повторного зараження Ці збільшені статистичні дані також мали те саме відображення смертності, оскільки інфекції P.1 можуть бути приблизно на 50 (50% CI, 20–90) смертельнішими.[85][86][87] У рамках поточних досліджень здатність варіанта нейтралізувати антитіла була оцінена вченими в опублікованій препринтній роботі, яка демонструє, що 8 імунізованих CoronaVac осіб мали погану реакцію плазми крові проти лінії P.1. Оскільки у дослідженні було лише невелика кількість учасників, неможливо було зробити будь-який статистичний висновок, оскільки потрібно було б вивчати більшу кількість вакцинованих людей. [88] Вчені з Массачусетського технологічного інституту, Гарварду та Кембриджа, а також лікарі в Бостоні підтвердили, що люди, які були повністю вакциновані вакцинами Pfizer і Moderna, значно зменшили нейтралізацію за допомогою P.1 — під час попередньої роботи.[89]
↑Michael Le Page, Matt Hambly (1 березня 2021). Brazil covid-19 variant (P.1). NewScientist. Архів оригіналу за 23 березня 2021. Процитовано 7 березня 2021.
↑Vinícius Bonetti Franceschi та ін. (26 січня 2021). Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Esteio, Rio Grande do Sul, Brazil. medrxiv. doi:10.1101/2021.01.21.21249906. Архів оригіналу за 21 квітня 2021. Процитовано 7 березня 2021. These lineages have already formed new sublineages. B.1.1.248 has evolved in N.1 (USA lineage), N.2 (French), N.3 (Argentinian), and N.4 (Chilean). Furthermore, B.1.1.248 has evolved in P.1 (Manaus lineage associated with a constellation of Spike mutations like B.1.1.7 and B.1.351 (Faria et al. 2021)) and P.2 (Rio de Janeiro lineage found in this study).
↑PANGO lineages Lineage P.2. cov-lineages.org. Архів оригіналу за 28 квітня 2021. Процитовано 28 січня 2021. P.2...Alias of B.1.1.28.2, Brazilian lineage
↑P.1 report. cov-lineages.org. Архів оригіналу за 9 червня 2021. Процитовано 8 лютого 2021.
↑Supplementary Table 1 Acknowledgement Table GISAID(PDF). virological.org. GISAID. 14 січня 2021. с. 10. Архів оригіналу(PDF) за 4 липня 2021. Процитовано 14 січня 2021. EPI_ISL_792680, EPI_ISL_792681, EPI_ISL_792682, EPI_ISL_792683 - Pathogen Genomics Center, National Institute of Infectious Diseases Pathogen Genomics Center, National Institute of Infectious Diseases - Tsuyoshi Sekizuka, Kentaro Itokawa, Rina Tanaka, Masanori Hashino, Makoto Kuroda
↑Coronavirus: What's happening in Canada and around the world on Friday. CBC. Toronto. 19 березня 2021. Архів оригіналу за 27 листопада 2021. Процитовано 19 березня 2021. In an update published Thursday night, federal health officials reported a total of 4,499 variant of concern cases, including: *4,169 cases of the B117 variant, which was first reported in the U.K. *241 cases of the B1351 variant, which was first reported in South Africa. *89 cases of the P1 variant, which was first reported in travellers from Brazil.
↑Biernath, André (14 січня 2021). Coronavirus: qué se sabe sobre la nueva variante encontrada en Brasil (y que llegó a Japón) [Coronavirus: what is known about the new variant found in Brazil (and that reached Japan)]. BBC Brasil (Spanish) . Sao Paulo. Архів оригіналу за 27 листопада 2021. Процитовано 18 січня 2021. Los científicos analizaron el material genético de 31 muestras de pacientes con covid-19 en la ciudad de Manaos... ...De ellos, 13 individuos (el 42% del total) presentaban justamente ese nuevo linaje del virus. Scientists analyzed the genetic material of 31 samples from patients with covid-19 in the city of Manaus... ...Of them, 13 individuals (42% of the total) presented precisely this new lineage of the virus.
↑Colombia mantiene vigilancia de cepa brasileña de covid-19 [Colombia maintains surveillance of the Brazilian strain of covid-19]. minsalud.gov.co(ісп.). Bogotá. 30 січня 2021. Архів оригіналу за 15 травня 2021. Процитовано 31 січня 2021. The case of a Colombian-Brazilian woman who acquired the new strain and consulted the health services in Leticia is confirmed.
↑新たなコロナ変異種を確認 ブラジルから入国の4人 [New coronavirus Mutation Confirmed in 4 people from Brazil]. The Nikkei (Japanese) . Japan. 10 січня 2020. Архів оригіналу за 14 січня 2021. Процитовано 14 січня 2021. 厚生労働省は10日、ブラジルから羽田空港に2日に到着した10～40代の男女4人が、新型コロナウイルスでこれまで確認されていないタイプの変異種に感染していたと発表した。国内での変異種への感染確認は計34人になった (The Ministry of Health, Labor and Welfare announced on the 10th that four men and women in their teens and 40s who arrived at Haneda Airport from Brazil on the 2nd were infected with a type of mutation that had not been confirmed so far with the new coronavirus.)
↑Coronavirus: New Variants Confirmed in 15 New Cases. Hungary Today. 22 липня 2021. Архів оригіналу за 27 листопада 2021. Процитовано 28 серпня 2021. Tests by the National Public Health Centre (NNK) showed the presence of the Delta variant of the coronavirus in 14 new cases and the gamma variant in one new case, the prime minister's chief of staff said on Thursday.
