Спроби створити залізничний музей у Загребі сягають 1966 року, коли адміністрація Загребського відділення Югославських залізниць вирішила створити залізничний відділ у Загребському технічному музеї, але через обмежений простір та нестачу кадрів утілити в життя цей задум не вдалося.[1]
Музей створили Хорватські залізниці 19 березня 1991 р. під назвою Залізничний музей Хорватії (хорв.Željeznički muzej Hrvatske). Рішенням Хорватських залізниць від 20 травня 2001 р. його назву було змінено на нинішню.