У 1978—1983 рр. — науковий співробітник у новоствореному Інституті соціальних і економічних проблем зарубіжних країн АН УРСР.
1983 року в Інституті археології АН СРСР захистив докторськудисертацію на тему «Общинний устрій східних слов'ян VI—Х століть (за археологічними даними північної Буковини)». Від 1983 року — провідний науковий співробітник сектора слов'яно-руської археології Інституту археології АН СРСР.
Від другого інсульту помер у Чернівцях[1] і похований там же (на кладовищі по вул. Руській, поряд із першою дружиною — Марією Василівною) [2].
Пам'ять
На будинку на вулиці Миколи Ватутіна, де він мешкав, встановлено меморіальну дошку.
Одна з вулиць м. Чернівці названа його іменем [1].
Праці
Автор понад 170 наукових та 20 науково-популярних праць.
(рос.)И. П. Русанова, Б. А. Тимощук, «Древнерусское Поднестровье». Историко-краеведческие очерки. — Ужгород: Карпати, 1981.
(рос.)И. П. Русанова, Б. А. Тимощук, «Роль огня, хлеба и хлебных печей».
(рос.)И. П. Русанова, «Священные колодцы».
(рос.)И. П. Русанова, Б. А. Тимощук, «Славянские святилища на Среднем Днестре и в бассейне Прута» // Сов. археология, 1983, № 4.
(рос.)И. П. Русанова, Б. А. Тимощук, «Кодын — славянские поселения V—VIII вв. на р. Прут». — М., 1984.
(рос.)И. П. Русанова, Б. А. Тимощук, «Збручское святилище». // Советская археология, 1986, № 4.
(рос.)«Восточнославянская община VI–Х вв. н. э.» — М., 1990.
(рос.)«Восточные славяне: от общины к городам». — М., 1995.
(рос.)И. П. Русанова, «Истоки славянского язычества. Культовые сооружения Центральной и Восточной Европы в I тыс. до н. э. — I тыс. н. э.» — Черновцы: Прут, 2002.
Баженов Л. В. Поділля в працях дослідників і краєзнавців XIX—XX ст.: Історіографія. Біобібліографія. Матеріали. — Кам'янець-Подільський, 1993. — С.374—375.
Гусар Ю., Борис Тимощук жив слов'янською минувшиною і став ученим зі світовим ім'ям: [видат. укр. археолог й істор., доктор історичних наук, публіцист] / Юхим Гусар // Погляд. — 2008.- 15 серпня (№ 41).- С.15.
Гусар Ю. Жив слов'янською минувшиною [про Б. О. Тимощука]/ Юхим Гусар// Ветеран України.- 2020, - 20 січня. - Стор 5.
Вчені Інституту історії України: Біобібліогр. довід. / Серія «Українські історики». — Вип. 1. — К., 1998.
Українські історики ХХ ст.: Бібліогр. довід. / Серія «Українські історики». — Вип. 2: У 2 ч. — Ч.1. — К., Львів, 2003.
Тимощук Б. О.: Бібліографічний покажчик (до 80-річчя від дня народження). — Чернівці, 1999.