1989 року музей дістав офіційний статус. Основа для колекції музею на початку 1930-х років заклав Садих Караєв, заслужений інженер і винахідник СРСР. У червні 2007 року його син Тофік Караєв продовжив справу. Він провів таксономічний перегляд сучасних молюсків.