Створення прототипу сучасних ВПС Естонії розпочалося у лютому 1917, коли Естонія здобула автономію у складі Російської імперії та мала право на власні збройні сили. Внаслідок цього багато естонців, які служили в імператорській армії, повернулися додому та вступили до лав ЗС Естонії. Згодом Німеччина не визнала декларацію незалежності Естонії та окупувала її 1918 року, через що естонські військові формування тимчасово припинили своє існування.
Після Комп'єнського перемир'я, 11 листопада 1918 року, Тимчасовий уряд Естонії негайно розпочав створення армійської авіації. 21 листопада 1918 року Вольдемар Віктор Ріберг, командир інженерного батальйону, доручив Августу Русу організувати льотний підрозділ. Авіаційна рота інженерного батальйону почала створювати авіабази поблизу Таллінна для гідролітаків і наземних літаків, але тільки в січні 1919 року з'явився перший оперативний літак – трофейний радянський Farman HF.30.
22 листопада 1918 року Червона армія напала на Естонію і незабаром окупувала більшу частину країни. Естонська армія завдяки іноземній допомозі зуміла контратакувати на початку січня 1919 року і звільнила країну до кінця лютого. Згодом вона перейшла до звільнення Латвії. Літаки армійської авіації здійснили обмежену кількість польотів задля підтримки армії. Після мирного договору з Радянською Росією в лютому 1920 року естонська армія була демобілізована, але авіаційна рота була збережена. Після поставки більшої кількості літаків вона була реорганізована в авіаційний полк (естонською: Lennuväe rügement), до складу якого входили ескадрилья наземних літаків, ескадрилья гідролітаків, льотна школа та майстерні. Було побудовано більше баз і станцій для гідролітаків.
Плани щодо придбання літаків Спітфайр та Лайсандер у Британії були зірвані, бо початок Другої світової війни в 1939 році змусив Британію скасувати всі експортні замовлення. Після поразки Польщі Естонія була змушена 28 вересня 1939 року підписати Договір про основи. Це дозволило росіянам створити військові бази в Естонії, які пізніше були використані в Зимовій війні проти Фінляндії. 17 червня 1940 року радянські війська захопили три країни Балтії. Під час червневого вторгнення 1940 року протиповітряна оборона не вжила жодних заходів, і літаки залишалися замкненими у своїх ангарах. Повітряні сили влітку 1940 року перетворилися на авіаескадрилью 22-го територіального стрілецького корпусу Червоної Армії.
1991-
Військово-повітряні сили Естонії були відновлені 16 грудня 1991 року після відновлення незалежності Естонської Республіки в 1991 році.[2]
13 квітня 1994 року в Таллінні було сформовано штаб управління ВПС. У лютому 1993 року уряд Німеччини подарував два транспортні літаки Let L-410UVP. У жовтні 1994 року було доставлено три гелікоптери Мі-2, а потім чотири вертольоти Мі-8 у листопаді 1995 року. Спочатку для наземного спостереження, повітряного спостереження та протиповітряної оборони були поставлені лише старі радянські радари та обладнання ППО. 15 травня 1997 року ВПС перейшли Су-24, що були на колишній радянській базі в Емарі. У 1997–98 роках два Мі-8 були модернізовані.
ВПС Естонії відновлюють військову інфраструктуру, залишену радянськими військовими. Велика частина коштів була спрямована на військовий аеродром Емарі, будівництво якого було завершено в 2011 році.[3] Метою розвитку авіабази Емарі є співпраця з військово-повітряними силами НАТО та країн-партнерів, а також можливість надавати стандартизовані послуги, необхідні для підтримки приймаючої країни. Через відсутність сучасної та розвиненої інфраструктури військової авіації розвиток ВПС відбувався дуже повільно.
↑Schnitzler, R.; Feuchter, G.W.; Schulz, R., ред. (1939). Handbuch der Luftwaffe [Aviation Manual] (нім.) (вид. 3rd). Munich and Berlin: J. F. Lehmanns Verlag. с. 65.