22 червня1961 року на березі Юганської Обі поблизу Усть-Балицьких юрт висадився загін геологорозвідників з бригадою теслярів. 5 жовтня вдарив перший нафтовий фонтан, а 18 грудня1962 року зі свердловини Р-63 вдарив фонтан з добовим дебітом нафти 800 тонн, таких в Тюменській області ще не було. Після цього селище стало бурхливо рости і незабаром його перейменували в Нефтеюганськ, об'єднавши в цьому слові Нафта і Юганська Об. 16 жовтня1967 року Президія Верховної Ради РРФСР видала Указ «Про перетворення робочого селища Нефтеюганськ Сургутського району Ханти-Мансійського національного округу Тюменської області в місто окружного підпорядкування».
2015 року сталася аварія на нафтопроводі і місто затопило нафтою[4]
Економіка
Нафтовидобуток є основою економіки міста. В Нефтеюганському районі, де розташований Нефтеюганськ, видобувається кожна 7-а тонна російської нафти.