У 1999 році сім'я Мохамеда емігрувала до Данії. У тому ж році Зідан уклав контракт з данським клубом «Академіск», в якому провів чотири сезони. В сезоні 1999/00 не проходив в основний склад. З 2001 року Мохамед почав регулярно виходити в основному складі «АБ», взявши участь у 51 матчі чемпіонату.
У червні 2003 року через фінансові труднощі «АБ» Зідан був проданий в данський «Мідтьюлланд». У сезоні 2003/04 він був визнаний найкращим новачком року, а в сезоні 2004/05 був визнаний найкращим гравцем данської Суперліги.
На початку 2005 року перебрався в Німеччину, уклавши контракт з клубом німецької Бундесліги«Вердером». Закріпитися в основному складі йому не вдалося, і сезон 2005/06 він провів на правах оренди в клубі «Майнц 05», разом з якою грав у першому раунді Кубка УЄФА. Повернувшись в «Вердер», добре себе показав влітку 2006 року, але отримав травму. Після відновлення в основний склад не проходив.
Тому взимку 2007 року за 3 мільйони євро Мохамед був проданий в «Майнц 05». Забивши 6 голів у 5 матчах, був визнаний найкращим гравцем лютого 2007 в німецькій Бундеслізі. Сезон 2006/07 його команда закінчила невдало, зайнявши 16 місце і опустившись у другу Бундеслігу.
У червні 2007 року за 5 мільйонів євро був куплений «Гамбургом», підписавши 4-річний контракт. У складі команди виграв Кубок Інтертото 2007 року.
У серпні 2008 року перейшов в дортмундську «Боруссію». Перший матч провів 23 серпня проти мюнхенської«Баварії». Перший гол забив у ворота «Вердера», встановивши остаточний рахунок 3:3. В кінці сезону 2009/10 отримав травму коліна, яку заліковував в Єгипті[1]. В цей же час пройшов прискорену військову службу в армії своєї країни[2]. Однак після повернення він перестав отримувати ігрову практику[3], в нього почали виникати конфлікти з партнерами[4].
У результаті взимку 2012 року, незважаючи на інтерес з боку «Нюрнберга»[5], гравець повернувся в «Майнц 05», підписавши піврічний контрактом[6] і тут же почав показувати відмінні результати — 5 голів у 5 перших матчах за команду[7]. Однак ряд скандальних історій[8][9] не дозволили гравцю у клубу домовитися про продовження співробітництва[10].
Влітку 2012 єгиптянин продовжив кар'єру в ОАЕ, перейшовши на правах вільного агента в «Баніяс»[11]. Зідан залишив клуб на початку 2013 року і почав працювати експертом на телеканалі Al-Jazeera Sports, однак офіційно не оголошував про завершення ігрової кар'єри. В листопаді 2013 був заочно засуджений в Єгипті до шести років ув'язнення за підробку трьох чеків арабської компанії, що займається проектуванням і міською забудовою[12].
15 вересня2015 року відновив кар'єру, підписавши контракт з «Ель-Харбі» на один сезон[13]. Відтоді встиг відіграти за каїрську команду 2 матчі в національному чемпіонаті.