Вихованець футбольної школи клубу «Газль Аль-Мехалла». Він почав грати за першу команду в 2004 році, коли йому було лише 17 років. У 2006 році Ахмед підписав контракт з клубом «ЕНППІ Клуб». Відіграв за каїрську команду наступні п'ять сезонів своєї ігрової кар'єри. У «Газлі» аль-Мухаммади грав у нападі, але в новій команді він змістився на позицію правого захисника[1]. За короткий час Ель-Мохаммаді привернув увагу декількох європейських клубів, однак керівництво ЕНППІ відмовлялося продавати свого футболіста. Влітку 2007 року клуб відхилив пропозицію німецької «Герти», оскільки єгиптян не влаштували фінансові вимоги німців. Потім гравець відмовився перейти на румунський «Рапід»[2].
«Сандерленд»
31 січня 2010 року клуб англійської Прем'єр-ліги«Сандерленд» спробував придбати гравця збірної Єгипту, оскільки єгиптянин зацікавив менеджера клубу Стіва Брюса, проте спроба не увінчалася успіхом[3]. Крім англійців на Ель-Мохаммаді претендував «Брюгге», але ЕНППІ відхилив і пропозицію бельгійців по гравцю. Втім влітку єгиптяни все ж відгукнулися на пропозиції таких європейських клубів, як «Вест Бромвіч Альбіон» і «Сандерленд». Ель-Мохаммаді перейшов на правах оренди на сезон у стан «чорних котів»[4].
Ахмед Ель-Мохаммаді під час виступів за «Галл Сіті». 2012 рік.
Перший матч у складі «чорних котів» Ель-Мохаммаді зіграв в домашньому матчі проти «Бірмінгем Сіті», що завершився внічию 2:2. 9 червня «Сандерленд» викупив Ахмеда за 2 млн. фунтів, підписавши з гравцем контракт, розрахований до 2014 року. Втім вже в грудні 2011 року Стів Брюс покинув компнду, а новий тренер Мартін О'Нілл нечасто залучав гравця до гри.
«Галл Сіті»
30 серпня 2012 року єгиптянин перейшов в «Галл Сіті» на правах оренди, де знову став грати під керівництвом свого колишнього тренера Стіва Брюса[5]. 1 вересня дебютував за новий клуб у матчі проти «Болтона»[6]. Свій перший гол за «тигрів» Ахмед забив 18 вересня, в дербі проти «Лідс Юнайтед»[7], також він відзначився двома гольовими передачами, таким чином взяв участь у всіх голах «тигрів» у цьому матчі.
16 січня «Сандерленд» вирішив повернути гравця, у зв'язку з великою кількістю травмованих, однак 31 січня «Галлу» все ж вдалося повернути гравця до кінця сезону. На щорічній церемонії 20 квітня був визнаний гравцем року[8], а за результатами сезону допоміг клуб вийти в Прем'єр-лігу. 28 червня 2013 року підписав повноцінний контракт з «Галл Сіті». В подальшому єгиптянин став основним гравцем клубу протягом наступних чотирьох сезонів, а найбільшим досягненням став матч фіналу кубка Англії 2014 року, в якому Ахмед відіграв всі 120 хвилин, втім його команда в додатковий час програла столичному «Арсеналу» (2:3)[9]. 23 червня 2016 року Ель-Мохаммаді підписав новий контракт на три роки з клубом[10], проте вже за результатами сезону 2016/17 клуб вилетів з Прем'єр-ліги.
«Астон Вілла»
19 липня 2017 року Ель-Мохаммаді перейшов у бірмінгемську «Астон Віллу» за 1 млн фунтів стерлінгів. Особистий контракт футболіста був укладений на три роки. В «Астон Віллі» єгиптянин знову возз'єднався з тренером Стівом Брюсом, під керівництвом якого виступав в «Сандерленді» і «Галлі»[11]. Станом на 12 червня 2018 року відіграв за команду з Бірмінгема 43 матчі в національному чемпіонаті.
У серпні 2007 року дебютував в офіційних іграх у складі національної збірної Єгипту у товариському матчі з Кот-д'Івуаром, який був зіграний в Парижі. Ахмед зіграв у восьми з дев'яти кваліфікаційних матчів до Кубку африканських націй 2008 року у Гані, після чого у увійшов в остаточний склад збірної і на сам турнір, здобувши того року титул континентального чемпіона.
Наступного року зіграв з командою на Кубку конфедерацій 2009 року у ПАР, де в матчі з Бразилією на 90-й хвилині був видалений за навмисну гру рукою на лінії власних воріт після удару Лусіо. Пенальті без проблем реалізував Кака і бразильці здобули перемогу з рахунком 4:3[12].
У 2010 році єгиптяни з Ахмедом захистили звання континентальних чемпіонів на турнірі в Анголі. Саме на цьому змаганні Ель-Мохаммаді 28 січня 2010 року забив перший гол за збірну у ворота Беніну (2:0). Після цього «фараони» не кваліфікувались і пропустили три континентальні турніри поспіль (2012, 2013 та 2015 років) і пробились лише на Кубок африканських націй 2017 року у Габоні. На цьому турнірі Ель-Мохаммаді зіграв у чотирьох матчах, включно з фіналом, і здобув з командою срібні медалі турніру.
У кваліфікації на чемпіонат світу 2018 року у Росії Ель-Мохаммаді провів на полі всього 92 хвилини, програвши конкуренцію на правому краю захисту Ахмеду Фатхі, втім єгиптяни зуміли вперше за 18 років кваліфікуватись на «мундіаль», куди поїхав і Ель-Мохаммаді, але був запасним гравцем і на поле не виходив.