Кубок УЄФА 2005–2006 — тридцять п'ятий розіграш Кубка УЄФА — другого за престижністю європейського клубного турніру. У фіналі 10 травня 2006 року на стадіоні «Філіпс» в Ейндговені трофей розіграли «Севілья» та «Мідлсбро». Іспанці перемогли з рахунком 4-0.
В першому кваліфікаційному раунді команди були поділені на два кошики - сіяних та несіяних відповідно до клубного рейтингу УЄФА 2004 року. Команди змагалися у двоматчевому протистоянні: одна гра вдома, одна на виїзді. Команди з однієї футбольної асоціації не могли грати одна з одною. Матчі першого раунду було зіграно 14 липня, а другого - 28 липня 2005 року.
В другому кваліфікаційному раунді команди були поділені на два кошики — сіяних та несіяних відповідно до клубного рейтингу УЄФА. Команди змагалися у двоматчевому протистоянні: одна гра вдома, одна на виїзді. Команди з однієї футбольної асоціації не могли грати одна з одною. Перші матчі було зіграно 11 серпня, а матчі-відповіді — 25 серпня 2005 року.
В першому раунді команди були поділені на дві корзини - сіяних та несіяних відповідно до клубного рейтингу УЄФА. Команди змагалися у двоматчевому протистоянні: одна гра вдома, одна на виїзді. Команди з однієї футбольної асоціації не могли грати одна з одною. Перщі матчі було зіграно 15 вересня, а матчі-відповіді - 29 вересня 2005 року. «Марсель», «Ланс» та «Гамбург» кваліфікувалися в перший раунд з кубка Інтертото.
Фінальна фаза Кубка УЄФА 2005-06 розпочалася 15 лютого 2006 року і завершилася фінальним матчем в Ейндговені 10 травня. При жеребкуванні 1/16 та 1/8 фіналу клуби ділилися на дві корзини - сіяних та несіяних відповідно до клубного рейтингу. В 1/16 команди з однієї футбольної асоціації не могли грати одна з одною. Починаючи з жеребкування 1/4 фіналу не було ніякого посіву, а команди з однієї футбольної асоціації могли грати одна проти одної.