У 1849–1859 роках — інспектор Ніжинського ліцею князя Безбородька та міської гімназії.
В 1853 року Морачевський подав на розгляд Імператорської академії наук створений ним «Словарь малороссийского языка».
В 1854 році — в «Киевских губернских ведомостях» надрукований вірш «Великому цареві нашому».
В 1855 — в Києві з'явилася окремою книжечкою поема «До чумака, або Война янгло-хранцузо-турецька у 1853—1854 роках», з доданими до неї трьома віршами-панегіриками царям Миколі І і Олександрові ІІ.
Поема «До чумака…» побудована у формі звернення до уявного образу чумака. Який десь подівся, може: «розхвабрувався і в чорноморці записався» і тепер воює проти чужинців. Так виникла можливість розповісти про різні етапи тієї війни, яка точилася на Чорному морі, в Криму, на Балтиці, на Білому морі, при обороні Петропавловська-Камчатського.
Ось один з епізодів поеми:
Чорна хмара від заходу: Небо покриває…
Україна плаче, тужить,
Що долі не має.
Вражі ляхи всі шляхи,
Мов сарана, вкрили,
Верховодять на Вкраїні,
Як зможуть їх сили.
Чванна шляхта по городах,
По селах гасає;
П'є, гупяє, що де зуздрить — : Собі загрібає;
Бідний народ український: Нівечить, як хоче;
Ріже, мучить божевільна,
Ще й собі регоче!
І козаки, і жінки їх,
І діти, і хати — : Все її… Що хоче робить…
В 1859 році виходить у відставку. Наступні двадцять років живе з родиною (мав трьох синів і двох дочок) у селі Шняківка Ніжинського повіту.
П. С. Морачевський відомий в історії української культури як перший перекладач книг Нового Завіту та Книги псалмів українською літературною мовою. Ці переклади і сьогодні вважаються одними з найкращих, проте доля їх сумна, адже деякі з них так і не опубліковані й досі зберігаються в рукописах. Окремі тексти ще не віднайдені чи взагалі втрачені. П. Морачевський впродовж 1860—1865 років переклав такі книги Святого Письма: Євангеліє (1860), Діяння святих апостолів (кінець 1861 — початок 1862), Послання святих апостолів (1862—1863, місце знаходження невідоме), Апокаліпсис (1864) та Псалтир (кінець 1864 — травень 1865). Перекладач удосконалював переклади, тому вони мали не одну редакцію, зокрема, Євангеліє 1861 р. та 1864 р.; Діяння святих апостолів 1864 р.[7]
Російська академія наук визнала його переклад Євангелій найкращим серед усіх аналогічних слов'янських перекладів, але через мовну політику Російської імперії жоден із цих перекладів не був виданий за життя автора.
Євангелія в перекладах Морачевського були перевидані у Канаді (1948) і США (1966), їх досі використовують під час богослужінь. В Україні Євангеліє в перекладі П. Морачевського перевидане київським видавництвом «Простір» у 2011 році, а «Псалтир» — Національною бібліотекою України ім. Вернадського у 2015-му.
П. Морачевський написав рідною мовою також курс «Священної історії» для початкових шкіл і народного читання.
Помер 26 вересня 1879 p. в селі Шняківці поблизу Ніжина, де й похований на цвинтарі біля сільської церкви.
Господа нашого Іисуса Христа Святе Євангеліє від Луки, українською мовою. – М. : Синодальная Типографія, 1907.
Господа нашого Іисуса Христа Святе Євангеліє від Матфея, українською мовою. – М. : Синодальная Типографія, 1907.
Твори / П. С. Морачевський ; упоряд. текстів, авт. передм. та допов. прим. П. П. Хропко, Ф. Ф. Кейда. — К.: Логос, 2001. — 339 с. — ISBN 966-581-223-8.
Святе Євангеліє / [передм.: В. Козирський, В. Шендеровський; пер. укр. П. С. Морачевського]. — 2-ге вид. — К.: ПРОСТІР, 2011. — 296 с. : іл. — 1000 пр. — ISBN 978-966-2068-28-3.
↑Морачевський Пилип Семенович // Шевченківська енциклопедія: — Т.4:М—Па : у 6 т. / Гол. ред. М. Г. Жулинський.. — Київ : Ін-т літератури ім. Т. Г. Шевченка, 2013. — С. 318—319.
↑Котенко, Т. Що може бути святіше для серця народу за слово Боже рідною мовою! : Листи П. С. Мочаревського до І. І. Срезневського 1862, 1864, 1874 рр. / Тетяна Котенко // Українська мова. — 2011. — № 4. — С. 54-62.
Пилип Морачевський і Ніжин (до 210-ліття від дня народження) / Григорій Васильович Самойленко, Ніжин. держ. ун-т ім. М. Гоголя.– Ніжин: НДУ ім. М. Гоголя, 2016.– 108 с. : іл. — ISBN 978-617-527-158-2
Пшепюрська-Овчаренко М. Мова перекладу Нового Завіту П. Морачевського / М. Пшепюрська-Овчаренко // Збірник Мовознавчої Комісії Наукового Конгресу в 1000-ліття Хрищення Руси-України. – Мюнхен, 1998. – С. 203–248.
Старенький І.О. Штрихи до історії видання Четвероєвангелія перекладу Пилипа Морачевського / І.О. Старенький // Мат-ли Міжнар. наук. конференції “Науковий потенціал славістики: історичні здобутки та тенденції розвитку (до Дня слов’янської писемності і культури)” // Електронний ресурс: http://conference.nbuv.gov.ua/site/view/id/21 [Архівовано 12 квітня 2022 у Wayback Machine.]
Подвижник апостольської праці: Персональна пам'ятка до 210-річчя від дня народження письменника, педагога, поета-романтика, філолога, перекладача Пилипа Семеновича Морачевського. — Черкаси, 2016.