Докторську дисертацію захистила в 1986 році, професор з 1992 року. Запропоновану Н. Ф. Клименко методику типологічного зіставлення мов на морфемному рівні застосовують науковці України, Естонії, Словаччини, Німеччини.
Під керівництвом професора Клименко та з її участю створено «Морфемно-словотвірний фонд української мови», вперше в Україні укладено за допомогою комп'ютера «Частотно-валентний словник афіксальних морфем української мови» (К., 1998) та «Шкільний словотвірний словник сучасної української мови» (К., 2005).
Ніна Клименко — засновник кафедри елліністики в Київському національному університеті імені Тараса Шевченка, яку вона очолила 1999 р. За цей час опубліковано «Практичний курс новогрецької мови» (частина 1, К., 1998), перші в лексикографії «Новогрецько-український словник» (К., 2003, 2-е видання 2005, разом із Пономаревим О. Д. і Чернухіним Є. К.), Українсько-новогрецький словник (К., 2008, разом із Пономаревим О. Д. і Савенком А. О.), першу в Україні антологію «Новогрецька література в українських перекладах» (К., 2005, упорядник разом із Пономаревим О. Д.). Вона надрукувала кілька десятків статей, присвячених проблемам теоретичної граматики новогрецької мови, зіставної лексикологіїновогрецької та української мови, зіставного українсько-новогрецького словотворення, що дозволили розгорнути елліністичні студії в Україні. 2010 р. опубліковано збірник наукових праць «Українська елліністика», відповідальним редактором якого і автором є Клименко Н. Ф. Перекладено з новогрецької Хр. Янарас: «Нерозривна філософія» К., 2001 (разом із Чердаклі А. М.), М. Тріандафілідис: «Мала граматика новогрецької мови». — Салоніки, 2003 (разом із О. Д. Пономаревим).
Померла 30 серпня 2018 року на 79-му році життя у Києві[4].
Неперервна філологія: класичні, візантинологічні та неоелліністичні студії в Україні ХХ століття. — Львів: Вид-во Львівської Політехніки, 2014. — 269 с.
Співавтор посібників
«Изучаем украинский язык. Расширенный курс». — К., 1993, 1996;
«Словотвірна морфеміка сучасної української літературної мови». — К., 1998;
Євгенія Карпіловська. Вірність покликанню: (до 70-річчя від дня народження члена-кореспондента НАН України Ніни Федорівни Клименко) // Українська мова: Науково-теоретичний журнал. 2009. N 4. С. 133—138. ISSN 1682 3540