Боканегра значну частину кар'єри провів в Анлійській Прем'єр-лізі, виступаючи за «Фулгем», крім того грав у Франції за «Ренн» та «Сент-Етьєн», у Шотландії за «Рейнджерс» і у Іспанії за «Расінг», а завершмв кар'єру на батьківщині у клубі «Чівас США». Також він провів 110 матчів за національну збірну США і був її капітаном протягом шести років (2007—2013), і двічі втгравав з наю Золотий кубок КОНКАКАФ (2002, 2007).
Народився 25 травня1979 року в місті Апланд, Каліфорнія у родині Мануеля і Келлі Боканегра. Їх батько мексиканського походження[1]. Виріс в містечку Альта Лома, Ранчо-Кукамонга, Каліфорнія, де він навчався у вищій школі Альта Лома. Він має брата, Дієго, який грав в футбол в Коледж Гранд-Каньйон і в університетській команді «УКЛА Брюїнс» (1995—1996).
Під час навчання в Каліфорнійському університет у Лос-Анджелесі, Боканегра вивчав історію і географію. Під час цього Боканегрі запропонували стипендії з американського футболу і звичайного футболу, але Карлос вибрав футбол[2] і також став гравцем «УКЛА Брюїнс».
У 2000 році він був задрафтований під загальним четвертим номером командою «Чикаго Файр»[3], за яку він згодом виступав чотири роки, взявши участь у 87 матчах МЛС. У першому ж році Карлос був визнаний найкращим новачком року MLS, а у 2002 і 2003 роках визнавався найкращим захисником MLS. Крім того, разом з клубом у 2000 і 2003 виграв Відкритий кубок США.
У січні 2004 року став гравцем англійського «Фулгема», де швидко став улюбленцем уболівальників, отримавши прізвиська the Jackal і the Black Snake[4][5]. У складі «дачників» Боканегра грав в основному як центральний захисник, а також як лівий захисник та інколи опорний півзахисник[6]. Під час сезону 2006/07 він був другим найкращим бомбардиром команди, забивши п'ять м'ячів, після співвітчизника Браяна Макбрайда[7]. 1 вересня2007 року Боканегра вперше вивів команду в статусі капітану на матч Прем'єр-лігі проти «Тоттенгем Готспур»[8][9]. 15 вересня2007 року він провів свій 100-й матч в АПЛ проти «Віган Атлетік»[10]. 23 травня 2008 року покинув лондонську команду[11].
У червні 2008 року підписав контракт з французьким «Ренном»[12]. Боканегра добре зарекомендував себе в своєму першому сезоні у Франції, з'являючись у всіх 38 матчах чемпіонату. Він забив свій перший гол 8 березня2009 року в матчі проти «Осера» (футбольний клуб) (2:0)[13]. Крім того Карлос забив у тому сезоні гол у Кубку УЄФА і Кубку Франції. Також зіграв у фіналі кубка Франції проти «Генгама»9 травня2009 року, де забив перший гол у матчі на 69-й хвилині, проте в підсумку його команда поступилась 1:2.
16 липня2010 року Боканегра перейшов в інший французький клуб «Сент-Етьєн»[14]. Дебютував за команду в першому матчі сезону проти «Парі Сен-Жермен» (1:3)[15]. 5 грудня 2010 року він забив свій перший гол за клуб, в матчі чемпіонату проти «Бордо» (2:2). Загалом в своєму першому сезоні в клубі він був основним гравцем, зігравши у 34 матчах чемпіонату (2 голи) і по одній грі у кубку Франції і кубку ліги. У сезоні 2011/12 Боканегра тимчасово виконував обов'язки капітана команди, поки основний капітан Лоїк Перрен більшу частину сезону лікувався від травми[16].
17 серпня2011 року Боканегра приєднався шотландського «Рейнджерс»[17], підписавши трирічний контракт[18]. Проте по завершенні сезону 2011/12 команду було виключено з Прем'єр-ліги. Боканегра оголосив про свій намір залишитися, пообіцявши не йти з клубу[19] і навіть провів на початку сезону кілька матчів за клуб у шотландському Третьому дивізіоні, куди опустився «Рейнджерс».
Після цього Боканегра перестав викликатись до національної збірної[20] і 31 серпня 2012 року змушений був перейти на правах оренди в іспанський «Расінг» з Сегунди в спробі відновити свою міжнародну кар'єру[21]. Тим не менш, Боканегра висловив бажання повернутися в «Рейнджерс», як тільки його орендна угода закінчиться[21][22]. Він дебютував за іспанський клуб 22 вересня2012 року в матчі чемпіонату проти «Мірандеса» (1:0)[23] і за сезон зіграв у 23 матчах, проте його команда зайняла 20 місце і вилетіла в Сегунду Б.
9 квітня2013 року Карлос оголосив на своєму Твіттері, що він повернеться до «Рейнджерс» на сезон 2013/14[24], але головний тренер збірної США Юрген Клінсманн застеріг Карлоса не грати за «Рейнджерс» в наступному сезоні[25]. Через це влітку 2013 року Боканегра покинув «Рейнджерс»[26] і підписав контракт з «Чивас Ю.Ес.Ей.»[27], де провів 2 сезони, після чого заявив про завершення кар'єри в кінці сезону 2014 року[28][29].
Виступи за збірні
Карлос Боканегра у складі збірної під час підготовки до ЧС-2010.
Виступав у складі юнацької збірної США, взяв участь у 3 іграх на юнацькому рівні.