У 1879-1882 служив лікарем та завідувачем лікарні в Лом Паланку (Болгарія).
У 1882-1884 удосконалювався в Празі та Відні. Став засновником, був редактором та одним з активних співробітників першої литовської суспільно-літературної газети «Аушра» («Aušra» — «Зоря»).
У 1884-1905 працював в лікарнях Варни та інших міст Болгарії. Брав участь у діяльності Болгарської демократичної партії.
У 1905 влаштувався у Вільнюсі. За його ініціативою скликаний з'їзд литовців у Вільнюсі (Великий Вільнюський сейм) 21-22 листопада (4-5 грудня) 1905, на засіданнях якого Басанавічюс головував. За його ініціативою засновано Литовське наукове товариство (1907), головою якого залишався до смерті. Був редактором видання товариства «лит.Lietuvių tauta» («Литовський народ»).
Помер у Вільнюсі та похований на кладовищі Росса (Расу). Через значення Басанавічюса в історії литовського національного відродження та збіги дати смерті з днем відновлення литовської державності (16 лютого1918) в радянські роки біля могили в річницю смерті і дні поминання покійних демонстративно шанувала його пам'ять, чим відзначалася заборонена дата 16 лютого.
Наукова та публіцистична діяльність
У пресі з 1885. Публікував праці та статті з історії литовців, з археології, етнографії, історії культури, окремих розділів мовознавства, по литовському фольклору. Видавав матеріали до життєписів литовських письменників, їхні спогади, епістолярну спадщину, а також збірки литовського фольклору.
Співпрацював у багатьох литовських періодичних виданнях («Вільняус жініос», «Вільтіс» та ін.), також у болгарських газетах та литовській газеті польською мовою «Litwa», в російських та німецьких наукових виданнях. Користувався псевдонімами та криптонімами A. B., Bassianis, Birsztonas, J. Sapalius та ін.
Іменем Басанавічюса названі вулиці у містах Литви та вулиця «Д-р Іван Басановіч» у Варні. Зображений на банкноті номіналом в 50 литів, а також на срібній монеті номіналом 5 лит, випущеної в 1936.