Шабріє народився в містечку Амбер в Оверні в родині адвоката. З шести років він почав займатися музикою, а 1859 роком датуються його перші твори для фортеп'яно. Після переїзду сім'ї в Клермон-Ферран в 1852 році Шабріє паралельно з навчанням в ліцеї брав уроки у польського емігранта скрипаля Олександра Тарновського, а з переїздом в Париж в 1856 вступив до ліцею Сен-Луї. Після закінчення школи права в 1861 році вступив на службу в міністерство внутрішніх справ. Одночасно Шабріє продовжував писати фортеп'янні п'єси і поряд з інтересом до Вагнера познайомився з парнасцями. Працював над двома незавершеними оперетами на лібретоПоля Верлена.
У 1873 році Шабріє одружився з Марі-Аліс Дежан, від якої мав трьох синів (один з них помер у ранньому дитинстві). У той же час він пише для театру, першим завершеним твором для якого стала опера «Зірка», поставлена в 1877 році і мала успіх. У цей період Шабріє вступає в артистичні кола Парижа, де знайомиться з композиторами Форе, Шоссон, д'Енді і такими художниками, як Мане, Дега, Фантен-Латур.
У 1880 році Шабріє йде у відставку і повністю присвячує себе музиці, ставши помічником Шарля Ламуре з популяризації німецької музики. У тому ж році з'являється фортеп'янний цикл з 10 п'єс «П'єси-картини». У 1882 році Шабріє здійснює подорож в Іспанію, після якої на наступний рік з'являється рапсодія для оркестру «Іспанія», яка стала найбільш відомим твором композитора. У 1884-1885 Шабріє стає хормейстером театру «Шато буд»[7]. Написана в 1885 році опера з англосаксонських часів «Гвендолін» після двох постановок була знята з репертуару через банкрутство імпресаріо. У 1887 році Шабріє завершує оперу «Король мимоволі», присвячену королю Польщі Генріху Валуа, яка поряд з «Гвендолін» з успіхом йде в Лейпцигу і Мюнхені.
В останні роки життя Шабріє мав серйозні фінансові проблеми, а також страждав від сифілісу і депресії, викликаної невдачею опер у Франції. У 1893 році він був паралізований і помер на наступний рік. Незважаючи на своє бажання бути похованим поруч з Мане, композитор був похований на кладовищі Монпарнас.
Нечисленна за кількістю музика Шабріє легка, оптимістична, яскрава та мелодійна, відрізняється багатством гармонії, ритму та оркестрування.
Крім опер, композитор також був автором оркестрових творів, що включають в себе Lamento і Larghetto для валторни і оркестру (обидва —1875), рапсодію для оркестру «Іспанія» (1883) і зроблені в 1888 році оркестрування фортеп'янних п'єс, що включають Пасторальну прелюдію,Радісний марш і Пасторальну сюїту.
Серед його фортеп'янних творів, крім «П'єс-картин», виділяється «Фантастичне бурре», написане в 1891 році і доопрацьоване після смерті композитора Феліксом Моттлем в 1898 році. Також Еммануель Шабріє був автором пісень.