Через відділи генеральний комісаріат проводив політику окупаційної влади на підвідомчій території. Так, відділ праці, створений у вересні 1941 р., відав біржами праці, займався вербуванням і насильницьким викраденням радянських громадян на роботу до Німеччини (з Києва і області було вивезено 275 800 осіб). У січні 1942 року в Києві було запущено кампанію з набору остарбайтерів, відповідальним за проведення якої був комісар з робочої сили Фріц Заукель[5]. У рамках цієї кампанії 11 січня 1942 року в газеті «Нове українське слово» було надруковано оголошення-заклик, підписане керівником генеральної округи, генеральним комісаром Квіцрау.
Господарський відділ керував роботою промислових підприємств, займався заготівлею сировини і відправленням готової продукції в Німеччину.
Відділ продовольства і сільського господарства було організовано на початку 1942 р. Основною його метою була заготівля сільгосппродуктів для постачання німецькій армії і відправлення в Німеччину. Сільгоспвідділ керував проведенням посівної і збиральної кампанії, займався розподілом продуктів харчування серед німецьких службовців. З метою переробки і вивозу сільгосппродуктів генеральний комісаріат відновив ряд цукрових заводів, маслозаводів і млинів.
Транспортний відділ організовано в травні 1943 р. При відділі було дорожнє управління. Основним завданням відділу був ремонт шосейних доріг для пересування німецьких військ і вантажів. Відділ відав трамвайним і автобусним транспортом і охороною ліній від пошкоджень. До його складу входив також підвідділ залізниць і поштових відділень.
Основною метою відділу деревини, лісу і полювання була експлуатація лісових багатств України та вивезення їх до Німеччини.
До складу генерального комісаріату входили відділи ідеологічної спрямованості, завданням яких було насадження нацистської ідеології. Так, головний відділ «Політика» включав відділи «Культурна політика» та «Молодь», підвідділи «Шкільна політика», «Література», «Молодь фольксдойче». Відділ контролював роботу шкіл і редакцій газет.[6]