Підприємство організовано у 1991 році з урахуванням Уфимского об'єднаного авіазагону, який виділився зі складу Приволзького управління цивільної авіації.
У 2000 році зі складу авіапідприємства було виділено аеропорт і з цього моменту авіакомпанія «Башкирські авіалінії» та міжнародний аеропорт «Уфа» стали функціонувати самостійно.