2000 року Алекс недовго пограв в оренді за «Фламенгу», після чого став гравцем «Крузейру». У цій команді з невеликою перервою на «Парму», Алекс грав до 2004 року і у сезоні 2003 року провів найкращий сезон у кар'єрі, забивши 23 гола у 37 іграх бразильської Серії А, а клуб здобув требл, ставши чемпіоном Бразилії, чемпіоном штату та володарем Кубка Бразилії. При цьому «лисиці» побили безліч рекордів у чемпіонаті — набрали 100 очок, випередивши найближчих переслідувачів на 13, забили 102 голи, а Алекс отримав Золотий м'яч Бразилії як найкращий гравець року.
На початку червня 2004 року Алекс перейшов у турецький «Фенербахче» за 5 млн євро[3]. 9 квітня 2006 року Алекс забив два голи в матчі чемпіонату Туреччини проти «Сівасспора», другий гол став 250-м за кар'єру. У 2007 році президент клубу пропонував гравцеві довічний контракт, але Алекс відмовився. У 2011 році Алекс потрапив під слідство за підозрою в організації договірних матчів свого клубу «Фенербахче», в результаті якого клуб виключили з єврокубків. З командою бразилець тричі ставав чемпіоном Туреччини у 2005, 2007 та 2011 роках, також виграв да Суперкубка і один національний кубок. При цьому саме Алекс був ключовим гравцем у виграші Кубка Туреччини 2012 року, титул, який «Фенербахче» не вигравав 30 років. У фінальній грі проти «Бурсаспора» Алекс віддав три результативні передачі й забив гол у другому таймі, забезпечивши своїй команді перемогу 4:0, за що був названий гравцем матчу[4].
У серпні 2012 року, маючи на той момент 136 голів у Суперлізі за «Фенербахче», Алекс поскаржився, що тренер Айкут Коджаман не випускав його на гру, щоб він не перевищив рекордну позначку у 140 м'ячів, встановлену Айкутом, коли той сам був гравцем команди[5]. У результаті 1 жовтня 2012 року клуб вирішив розірвати контракт з футболістом в односторонньому порядку через конфлікт бразильця з головним тренером команди[6][7][8]. Загалом бразилець відіграв за стамбульську команду вісім сезонів своєї ігрової кар'єри. Більшість часу, проведеного у складі «Фенербахче», був основним гравцем команди і одним з головних бомбардирів, а також з 2007 року капітаном команди[9], зігравши 378 матчів, у яких забив 185 голів і віддав 162 гольових передач, при цьому в сезоні 2010/11 з 28 голами став найкращим бомбардиром чемпіонату[10].
18 жовтня 2012 року Алекс повернувся до свого рідного клубу «Корітіба»[11][12], де і завершив кар'єру 1 грудня 2014 року, вигравши до цього свій останній трофей — чемпіонство штату Парана 2013 року[13].
