Острови були відкриті моряками з Англії на чолі з В.Кілінгом у жовтні 1609 під час їхнього плавання до Південно-Східної Азії. Пізніше їх відвідували кораблі їнших країн, але вони залишались незаселеними.
Королівство Кокосових Островів
У 1825 р. на островах висадився шотладський капітан Джон Клюні-Росс, який вийшов у відставку з британського флоту. Він завіз з о.Борнео на острови малайських робітників для роботи на своїх приватних плантаціях та оголосив себе в 1827 р. королем Кокосових островів під ім'ям Росс I.
Під владою Великої Британії
31 березня 1857 р. король Росс II під час відвідин островів британським флотом визнав над собою владу Британії, його визнали губернатором островів. У 1878—1886 острови були підпорядковані британському губернатору Цейлону. У 1886—1946 рр. острови входили до складу британської колонії Стрейтс-Сетлментс. Через те, що майже вся територія Стрейтс-Сетльменту була захоплена протягом 1942–1945 років військами Японії, Кокосові острови управлялись в 1942—1946 рр. англійськими військовими. В 1946—1955 рр. вони були в складі британської колонії Сингапур.
Під владою Австралії
23 листопада1955 року Велика Британія передала острови в управління Австралії. 1 вересня1978 року Австралія викупила майно сім'ї Клюні-Росс на користь австралійської держави за суму 6,25 млн доларів США.
